Būtiskās atšķirības starp hipofīzes priekšējo un aizmugurējo daļu sākas, katrai daļai veidojoties embrijā. Hipofīzes aizmugurējā daļa veidojas no neironiem evolucionārajā hipotalāmā, kas veidojas cilvēka smadzeņu pamatnē, savukārt priekšējā hipofīze veidojas no ādas audiem, kuru izcelsme ir mutes dobumā. Priekšējā hipofīze kļūst par endokrīno dziedzeru, kas ražo un izdala hormonus ķermenim, un savienojas ar hipofīzi, kad tā ir pilnībā izveidota. Tikmēr hipofīzes aizmugurējā daļa paliek savienota ar hipotalāmu, darbojoties kā hipotalāma ražoto hormonu krātuve un saņemot no tā ziņojumus, kas regulē, kad hormoni tiek atbrīvoti uz hipofīzes priekšējo daļu un caur to. Lai gan hipofīzes priekšējie un aizmugurējie orgāni cieši sadarbojas hormonu regulēšanā, tie būtībā ir divi dažādi orgāni fizioloģijā un funkcijās.
Hipofīzes medicīniskais termins ir hipofīze. To veido adenohipofīze jeb priekšējā daiva un neirohipofīze jeb aizmugures daļa. Abus tieši kontrolē neironi un aksonu ziņojuma ceļi no hipotalāma, un tiem ir kopīgs lokāls asinsvadu tīkls ar hipotalāmu. Šis artēriju, vēnu un kapilāru tīkls savienojas ar ķermeņa asinsriti un transportē hormonus uz citiem endokrīnajiem orgāniem, piemēram, vairogdziedzeri, olnīcām, virsnieru dziedzeriem un citiem dziedzeriem. Šie dziedzeri arī sūta atgriezeniskās saites signālus uz hipofīzes mugurējo daļu, kas pielāgo hormonu izdalīšanos atbilstoši ķermeņa vajadzībām.
Hormoni, kas izstrādāti hipofīzes priekšējā daļā, regulē fizioloģiskos procesus, kas saistīti ar augšanu, vairošanos un vielmaiņu. Piemēram, tas izdala hormonus, kad tas saņem signālu no hipotalāma piegādāt augšanas hormonus kauliem; vai kad no citas ķermeņa daļas izdalās oksitocīns, kas stimulē hipofīzes priekšējo daļu izdalīt hormonus, lai stimulētu piena dziedzeru kontrakcijas mātēm, kuras baro bērnu ar krūti. Hipofīzes priekšējā daļā adrenokortikotropais hormons (AKTH) tiek nosūtīts uz virsnieru dziedzeriem, lai stimulētu glikokortikoīdu ražošanu, reaģējot uz stresa reakcijām vai bailēm. Endorfīnu izdalīšanās rada labklājības sajūtu, lai līdzsvarotu sāpes vai briesmu signālus, kas izraisa adrenalīna izdalīšanos.
Hipofīzes aizmugurējā daļa, atšķirībā no priekšējās, nav dziedzeris; šis orgāns ir asinsvadu tīkla un nervu ceļu kopums no hipotalāma līdz hipofīzes priekšējai daļai. Tas nerada hormonus; drīzāk tas uzglabā tos hipotalāmam, kas var tos izdalīt, kad tiek dots signāls darboties kopā ar citiem hipofīzes priekšējās daļas hormoniem. No uzglabāšanas aizmugurējā daļā ar hipotalāma signālu var izdalīties vazopresīna hormoni, kas regulē ūdens aizturi nierēs vai var paaugstināt asinsspiedienu.
Lieljaudas elektronu mikroskopos fizioloģiskās atšķirības starp hipofīzes priekšējām un aizmugurējām šūnām ir viegli pamanāmas. Priekšējās šūnas nepārprotami ir endokrīnās šūnas, un aizmugurējās šūnas ir skaidri nervu šūnas. Priekšējās un aizmugurējās hipofīzes kontrole arī parāda, ka hipofīzes priekšējo daļu kontrolē ar asinīm izdalītie hipotalāma izdalīšanās faktori, savukārt nervu signāli kontrolē hipofīzes aizmugurējo daļu.