Arhejas un baktērijas ir vienšūnas mikroorganismi, kas pazīstami kā prokarioti, taču šī ir viena no retajām lietām, kas tām ir kopīgas. Lai gan tie abi izskatās neskaidri līdzīgi, skatoties caur mikroskopu, katrs no tiem pārstāv pilnīgi atšķirīgu radījumu grupu. Faktiski arhejas atšķiras no baktērijām tikpat daudz kā cilvēki to bioķīmijas un ģenētiskās struktūras ziņā. Arhejām un baktērijām ir atšķirīgas šūnu membrānas un šūnu struktūras, un arhejas ir sastopamas ekstremālā vidē, kur lielākā daļa baktēriju nevar izdzīvot.
Baktēriju šūnu sienas satur vielu, kas pazīstama kā peptidoglikāns, savukārt arheju šūnu sienās to nav. Arhejas un baktērijas atšķiras arī tāpēc, ka arheju šūnu membrānām ir unikāla struktūra un tās nesatur tos pašus lipīdus jeb taukus, kas atrodami citu organismu šūnu membrānās. Arheālās membrānas satur vielu, kas pazīstama kā izoprēns, kas veido karstumizturīgas struktūras un neatrodas baktēriju šūnu membrānās.
Arheju iekšpusē proteīnus sintezējošās molekulas, ko sauc par ribosomām, atšķiras no tām, kas atrodamas baktērijās, un ir tuvākas ribosomām, kas atrodas eikariotu šūnās. Eikariotu šūnas ir atrodamas cilvēkiem, dzīvniekiem, augiem, sēnēm un vienšūņiem. Enzīmam RNS polimerāzei, kas nodrošina RNS ražošanu šūnās, baktērijās ir vienkārša forma. Arhejā tas ir sarežģītāk.
Arhejas un baktērijas atšķiras atkarībā no vides, kurā tās var izdzīvot. Lai gan baktērijas dzīvo gandrīz visur, tikai arhejas spēj izdzīvot skarbās galējībās, lai gan tās ir sastopamas arī citur. Dažas arhejas, kas pazīstamas kā termofīli, dzīvo ļoti karstā vidē, piemēram, vulkānu atverēs. Citi spēj izturēt īpaši skābus vai sārmainus apstākļus vai vietas bez skābekļa. Dažas ļoti sāļas vietas, piemēram, Nāves jūra, ir pārāk žūstošas lielākajai daļai organismu, taču tur var dzīvot noteiktas arhejas, kas pazīstamas kā halofīli.
Atšķirībā no baktērijām, kas tika atklātas 1600. gados, arhejas atklājās tikai 1970. gados, kad tika konstatēts, ka dažiem prokariotiem ir atšķirīgs ģenētiskais sastāvs no baktērijām. Tika atzīmēts, ka tie bija arī prokarioti, kas dzīvoja ekstremālos apstākļos, un tika atzīta jauna dzīvības formu grupa. Tas nozīmēja, ka dzīvību varēja iedalīt trīs galvenajās grupās jeb domēnos, kas pazīstami kā eikarioti, arhejas un baktērijas. Daži eksperti domā, ka arheju spēja dzīvot neviesmīlīgos apstākļos var būt tāpēc, ka tās ir sena mikrobu grupa, kas sākotnēji bija pielāgota laikam, kad zeme bija karstāka un tajā bija metāna un amonjaka pilna atmosfēra.