Labāko gonorejas antibiotiku izvēle var būt atkarīga no vairākiem faktoriem. Tie ietver indivīda iepriekšējo reakciju uz pirmās rindas medikamentiem un esošās gonorejas veidu. Svarīgi ir arī tas, vai indivīdi vienlaikus ir inficēti ar hlamīdijām, kas nav īpaši retums. Šādos gadījumos var būt nepieciešams izmēģināt vairāk nekā vienu antibiotiku.
Kopš 2007. gada ASV Slimību kontroles centri (CDC) publicēja skaidrus norādījumus par to, kā izvēlēties labākās antibiotikas gonorejas ārstēšanai. Īsi pirms šīs publikācijas pētījumi norādīja, ka viena izplatīta antibakteriālo zāļu grupa, ko sauc par florokinoloniem, ir sākusi būt neefektīva un seksuāli transmisīvo slimību celmi izrādīja rezistenci pret to. Kā izrādās, gonoreja šādi ir uzvedusies arī agrāk ar citām antibiotikām. Tas parasti nereaģē arī uz ārstēšanu ar tādām zālēm kā penicilīns vai tetraciklīns.
CDC izdeva ieteikumus par labākajiem medikamentiem gonorejas ārstēšanai, pamatojoties uz šo jaunatklāto rezistenci pret florokinoloniem, liekot domāt, ka cilvēki ar vienkāršiem dzimumorgānu gonorejas infekcijas gadījumiem saņem vienu ceftriaksona intramuskulāru injekciju. Šīs ir cefalosporīnu zāles. Ceftriaksons ir arī indicēts gonorejas ārstēšanai, kas rodas kaklā, ko sauc par rīkles gonoreju.
Ja slimību sarežģī infekcija ar hlamīdiju, parasti tiek pievienota otra perorāla antibiotika, un tas var būt viens no vairākiem veidiem un var ietvert tādas izplatītas zāles kā Zithromax®. Ir arī dažas zāles, kas ir ļoti līdzīgas ceftriaksonam, kas nav pieejamas ASV, un tās varētu būt ideāli aizstājēji. Turklāt, ja gonoreja ir sarežģīta infekcija, pēc sākotnējās injekcijas var ievadīt perorālas antibiotiku devas.
Dažos gadījumos ceftriaksons rada problēmas. Tā kā tas ir cefalosporīns, dažiem cilvēkiem ir alerģija pret to, ja viņiem ir alerģija pret penicilīnu. Iespēja ir meklēt nākamās labākās antibiotikas gonorejas ārstēšanai. Tā vietā var izmantot tādas zāles kā doksiciklīns vai klaritromicīns. Vēl viena pieeja ir izmantot desensibilizāciju pret zālēm pirms to ievadīšanas. Vairumā gadījumu tas nav jādara, un citas zāles to pienācīgi aizstās. Ir zināms, ka tādas zāles kā Zithromax® ārstēs nekomplicētu gonoreju, taču pastāv bažas, ka gonorejas celmi galu galā izturēs arī azitromicīnu.
Pilnīga pacienta zāļu alerģijas izmeklēšana un vēsture ir svarīga, lai izvēlētos labākās gonorejas antibiotikas. Ārsti izmanto vadlīnijas, bet lēmumus pieņem katrā gadījumā atsevišķi. Šie lēmumi ne vienmēr var būt identiski vadlīnijām. Turklāt ārstiem jāturpina novērtēt pacienta atveseļošanos. Dažreiz ir nepieciešama papildu ārstēšana, pat ja ir izmantota labākā un ieteicamākā ārstēšana.