Populārāko zinātniskās fantastikas filmu noteikšana ir diskusiju jautājums. Analītiķi var aplūkot “skaitļus” un redzēt, kuras zinātniskās fantastikas filmas ir nopelnījušas visvairāk naudas. Diemžēl ne visas zinātniskās fantastikas filmas, kas pelna naudu, fanu leģionos uzskata par “labākajām”. Piemēram, Zvaigžņu kari: Phantom Menace un Star Wars: The Revenge of the Sith abas nopelnīja vairāk naudas nekā sākotnējais Zvaigžņu kari. Ja paskatās uz “labāko zinātniskās fantastikas filmu” sarakstu, oriģinālā Zvaigžņu kari vienmēr tiek uzskatīta par daudz labāku filmu, un daudzi kritiķi ir pārdomājuši otro Zvaigžņu karu filmu triloģiju.
Vēl viens piemērs varētu būt otrā Matrix filma, kurai bija augstāks kases sniegums nekā oriģinālajai Matrix filmai. Atkal pirmā filma bieži tiek uzskatīta par daudz pārāku par tās turpinājumiem. Turklāt zinātniskās fantastikas filmas, kas tika uzņemtas agrāk nekā 1970. gados, nopelnīja mazāk naudas, taču daudzi kritiķi un fani uzskata, ka tās ir būtiskas skatīšanās iespējas.
Tādējādi populārāko zinātniskās fantastikas filmu noteikšana ir ļoti subjektīvs jautājums. Varat apskatīt to, cik bieži filmas tiek iekļautas kritiķu sarakstos, cerot atrast kādu no “labākajām”, ko skatīties vai pārskatīt. Tas un, protams, personīgā gaume var palīdzēt indivīdam noteikt populārākās zinātniskās fantastikas filmas.
Nekādā secībā šīs zinātniskās fantastikas filmas mēdz parādīties vairākos “labāko” sarakstos:
Star Wars
The Empire Strikes Back
2001: A Space Odyssey
Ārzemnieks
Ārvalstniekiem
The Matrix
Pasaules karš (1950. gadu versija)
Metropoli
Terminator 2
ET
Gattaca
Trešās pakāpes tuvie kontakti
Daži cilvēki zinātniskās fantastikas žanrā iekļauj arī šausmu filmas vai monstru filmas. Populāras filmas, kuras joprojām tiek uzskatītas par “zinātnisko fantastiku” šajā kategorijā, ir Džona Kārpentera režisētā lieta, Juras laikmeta parks, 1931. gada Frankenšteins un 1956. gada Ķermeņa laupītāju iebrukums. Citi uzskata, ka monstru filmas un šausmu filmas ar zinātniskās fantastikas filmu elementiem ir pelnījušas savu žanru.
Kritiskā minoritāte arī vēlētos iekļaut zinātniskās fantastikas televīzijas seriālus savā populārāko sarakstā. Skaidrs, ka pirmā un otrā Star Trek sērija, X-faili, nesenais 4400 un Smallville ir daži izcili zinātniskās fantastikas darbi. Citi slavē Babylon 5 un seriālu Jericho, nemaz nerunājot par Lost kā izcilu zinātnisko fantastiku. Tomēr tās nav filmas, tāpēc tās neietilpst populārāko zinātniskās fantastikas filmu sarakstā. Zinātniskās fantastikas cienītājiem daudzas no šīm sērijām ir tikpat jautras kā populāras zinātniskās fantastikas filmas.