Purkinje šūnām un smadzenītēm ir savstarpēja eksistence. Šie lielie neironi atrodas smadzenītēs, kur tie palīdz regulēt motora kustību. Purkinje šūnās ir liels skaits dendrītu, kas sakārtoti kokam līdzīgā struktūrā. Dendrīti saņem informāciju no citiem neironiem un norāda šūnai, vai tai ir jāpārraida ziņojums citiem neironiem.
Smadzenītes ir sakārtotas vairākos līmeņos, un Purkinje šūnas atrodas dziļākajā līmenī. Šīs specializētās šūnas saņem informāciju no visiem citiem līmeņiem un integrē ievadi no pārējām smadzenītēm. Purkinje šūnas ir vienīgais smadzenīšu izvades avots. Starp Purkinje šūnām un smadzenītēm ir svarīga saikne, jo šīs šūnas ļauj šai zonai nosūtīt ziņojumus pārējām smadzenēm.
Papildus informācijas koordinēšanai no smadzenītēm Purkinje šūnas saņem signālus arī no citām smadzeņu zonām un muguras smadzenēm. Tiek uzskatīts, ka šie signāli satur sensoro informāciju un motora plānošanas signālus, kas var ietekmēt motora kustību. Lielākā daļa no šiem signāliem ir ierosinoši, kas nozīmē, ka tie mudina saņēmēju šūnu nodot savu signālu. Tomēr Purkinje šūnas pārraida inhibējošus signālus, kas varētu dot priekšstatu par to lomu.
Precīzs veids, kā Purkinje šūnas un smadzenītes darbojas kopā, vēl nav pilnībā izprasts. Smadzenes var izmantot šīs šūnas kā sava veida tulku. Purkinje šūnas saņem tiešu un netiešu ierosinošu ievadi no smadzeņu stumbra, muguras smadzenēm un medullas, bet tām ir inhibējoša izvade. Šis fakts lika pētniekiem izvirzīt teoriju, ka Purkinje šūnas sakārto šo lielo informācijas apjomu un integrē to. Viņi izslēdz fona troksni un nosūta pārējām smadzenēm saprotamas ziņas, kas satur tikai būtisku saturu.
Norādes uz Purkinje šūnu un smadzenīšu saistību var atrast, pētot slimības, kas ietekmē šīs šūnas. Smadzenīšu abiotrofija ir slimība, kas nogalina Purkinje šūnas ap dzimšanas brīdi. Dzīvniekiem ar šo slimību ir nepietiekama izpratne par savu ekstremitāšu stāvokli ejot, nekoordinētas kustības, trīce, problēmas ar attāluma novērtēšanu un neparasta gaita ejot.
Dažas cilvēkiem novērotas slimības, piemēram, Nīmaņa-Pika slimība, var izraisīt līdzīgus simptomus. Šie īpašie simptomi norāda uz Purkinje šūnām, kas integrē informāciju, kas attiecas uz ķermeņa telpisko orientāciju, motorisko kustību kontroli un koordināciju, kā arī ķermeņa daļu relatīvajām pozīcijām. Tāpēc Purkinje šūnas un smadzenītes strādā kopā, lai apkopotu informācijas apjomu un norādītu ķermenim, kā koordinēt kustības, pamatojoties uz šo informāciju.