Visbiežākās reakcijas pret amoksicilīnu parasti izraisa alerģijas. Mazākam cilvēku skaitam var rasties nealerģiski izsitumi, kas mēdz parādīties vairākas dienas pēc amoksicilīna lietošanas. Alerģiskas reakcijas var būt no viegliem līdz smagiem niezes, sliktas dūšas un vemšanas gadījumiem, un parasti ir ieteicams sazināties ar ārstu, tiklīdz tās tiek pamanītas. Daži pacienti ir ziņojuši arī par citām reakcijām, tostarp garīgām izmaiņām, trauksmi un bezmiegu. Gadījumos, kad tiek uzņemta amoksicilīna pārdozēšana, biežas reakcijas var sākties ar letarģiju un, iespējams, beigties ar nieru sistēmas mazspēju.
Dažiem cilvēkiem ir alerģija pret beta-laktāma antibiotikām, piemēram, amoksicilīnu, tāpēc, pirmo reizi lietojot kādu no šīm zālēm, var būt ieteicams rūpīgi uzraudzīt iespējamo blakusparādību klātbūtni. Ja rodas alerģiskas reakcijas pret amoksicilīnu, tās parasti sākas ar niezi. Nieze var būt lokalizēta pirkstu galos un cirkšņos, lai gan parasti tas ātri izplatās uz citām vietām. Niezi var pavadīt arī izsitumi.
Turpmākas reakcijas uz amoksicilīnu parasti izpaužas kā slikta dūša un var izraisīt vemšanu vai caureju. Var rasties arī drudzis, lai gan to var nepamanīt, ja slimība, ko bija paredzēts ārstēt ar amoksicilīnu, jau bija saistīta ar drudzi. Visas šīs bieži sastopamās reakcijas uz amoksicilīnu var ļoti ātri kļūt nopietnas, un gan vemšana, gan caureja var izraisīt dehidratāciju. Var būt prātīgi meklēt medicīnisko palīdzību pēc pirmajiem simptomiem.
Retos gadījumos var rasties arī nealerģiski izsitumi. Lai gan šie izsitumi bieži vien ļoti līdzinās alerģiskām reakcijām, medicīnas speciālists parasti spēs pateikt atšķirību. Šie izsitumi parasti ir niezoši un parasti rodas apmēram trīs dienas pēc amoksicilīna pirmās lietošanas. Cilvēkiem ar Epšteina-Barra vīrusa izraisītu mononukleozi šāda veida nealerģiskas reakcijas pret amoksicilīnu var būt daudz lielāka nekā citiem.
Neatkarīgi no blakusparādību veida vai smaguma pakāpes, sazināšanās ar ārstu parasti ir labākais veids, kā tikt galā ar amoksicilīna izraisītām reakcijām. Ja tā ir alerģiska reakcija, simptomi var attīstīties ļoti ātri un kļūt smagi un, iespējams, pat dzīvībai bīstami. Gadījumos, kad tiek novērotas līdzīgas reakcijas, turpmāku slimību ārstēšanā parasti izvairīsies no beta-laktāma antibiotikām, piemēram, amoksicilīna. Tomēr nealerģiski amoksicilīna izsitumi neaizkavēs turpmāku šīs klases medikamentu izrakstīšanu.