Dabīgais pedikīrs ir skaistumkopšanas procedūra, kurā tiek izmantoti dabiski vai bioloģiski produkti un instrumenti, nevis produkti, kas izgatavoti no ķīmiskām vai sintētiskiem materiāliem. Šāda veida spa procedūra ir piemērota cilvēkiem, kuri cenšas izmantot tikai dabiskus produktus uz ķermeņa, kā arī tiem, kuriem ir alerģija pret daudziem produktiem. Tas ir tāpēc, ka daudzi produkti, kas izgatavoti no pilnīgi dabīgām sastāvdaļām, bieži ir hipoalerģiski.
Tāpat kā daudzas pēdu procedūras, arī dabiskais pedikīrs parasti sākas ar atmirušo ādas šūnu noņemšanu. Vīles vietā, visticamāk, tiks izmantots pumeks. Šī pedikīra daļa ir īpaši vērsta uz papēžiem, pēdu bumbiņām un citām vietām, kur var būt uzkrājušās pīles. Parasti pēdas pirms pulēšanas procedūras tiek iemērc siltā ūdenī, jo tas mīkstina ādu un atvieglo atmirušās ādas noņemšanu.
Dažkārt siltajam pedikīra ūdenim pievieno nāves jūras sāļus vai ēteriskās eļļas. Nāves jūras sāļi palīdz detoksicēt ādu. Ēteriskās eļļas, ko var izmantot ūdenī, ir lavandas eļļa, jojobas eļļa un tējas koka eļļa, ko dažreiz dēvē arī par melaleukas eļļu. Lavanda ir aromterapijas eļļa, kas palīdz atslābināties pedikīra veicējam. Tējas koka eļļa ir dabisks produkts, kam piemīt antiseptiskas, antibakteriālas un pretsēnīšu īpašības, savukārt jojobas eļļu izmanto vienkārši, lai palīdzētu mitrināt ādu.
Kad pēdas ir nopulētas, to nagus nogriež un veido vienveidīgas formas. Kāju nagu galus var noapaļot vai kvadrātveida, atbilstoši pedikīra veicēja vēlmēm. Pēc tam pēdas, potītes un dažreiz pat apakšstilbus noberž ar dabīgu pīlingu tīrīšanas līdzekli, vēlreiz noskalo ar siltu ūdeni un pēc tam mitrina. Izmantotais mitrinātājs ir bioloģisks produkts, kas izgatavots no dabīgām sastāvdaļām, piemēram, alvejas, olīveļļas vai bišu vaska.
Dabīgais pedikīrs var beigties vai beigties ar lakas uzklāšanu uz nagiem. Ja dabiskajā pedikīrā ir iekļauta lakošana, tiek izmantota netoksiska laka. Tomēr dažiem cilvēkiem patīk veikt dabisku pedikīru, jo tas ir gan veselīgs, gan liek kājām izskatīties ļoti jauki, nepiešķirot kāju nagiem nekādu spīdumu vai krāsu. Ne visos spa piedāvā šāda veida pedikīru, taču ārstēšanu var viegli veikt mājās, veicot iepriekš aprakstītās darbības.