Lai samazinātu slimību pārnešanas risku, šļirci drīkst lietot tikai vienu reizi un pēc tam sterilizēt pirms atkārtotas lietošanas, lai mikrobi vai slimības nenonāktu starp pacientiem. Šļirci drīkst iegremdēt tikai vienā zāļu flakonā un pēc tam ievietot vienā cilvēkā vai dzīvniekā, pirms tā tiek izjaukta un sterilizēta. Labākais veids, kā sterilizēt šļirci, ir pakļaut augstam karstumam, lai gan ir vairākas ķīmiskas vielas, ko var izmantot šļirces sterilizācijai, ja nav iespējams piekļūt atbilstošam aprīkojumam.
Labākais veids, kā veikt šļirču sterilizāciju, ir izmantot mašīnas, kas pazīstamas kā autoklāvi, kuras bieži atrodas slimnīcās un laboratorijās, kur tās izmanto daudzu dažādu iekārtu sterilizēšanai. Stikla šļirces, kuras vairs neizmanto reti, var ievietot šajās iekārtās un karsēt līdz 248 grādiem pēc Fārenheita (120 grādiem pēc Celsija) 15 līdz 20 minūtes. Plastmasas šļirces var tikt bojātas šādā karstumā, un parasti tās ir paredzētas izmešanai pēc vienas lietošanas reizes. Adatas, ko izmanto injekciju veikšanai, var ievietot šajās iekārtās sterilizācijai un arī izmantot atkārtoti. Mazie ārstu kabineti vai klīnikas, kurām nav sava autoklāva, bieži izsūta piesārņotās šļirces pareizai sterilizācijai un iznīcināšanai.
Temperatūra autoklāvā kļūst ievērojami augstāka nekā verdošā ūdenī. Tomēr stikla šļirču vārīšana ir viens no veidiem, kā veikt šļirču sterilizāciju. Šī metode nav tik efektīva kā autoklāva izmantošana un var izplatīt slimību, jo tā ne vienmēr nogalina visas sporas. Šo metodi vajadzētu izmantot tikai ārkārtas gadījumos. Lai uzlabotu sterilizāciju, ūdenim jāpievieno neliels daudzums fenola spirta. Kad ūdens vārās, stikla šļirce jāatstāj tajā 15 līdz 20 minūtes.
Plastmasas šļirces parasti ir paredzētas izmešanai pēc vienas lietošanas reizes. Neskatoties uz to, var rasties situācijas, kurās cilvēkam šļirce ir jāizmanto atkārtoti. Ja tas tā ir, labākie padomi šļirces sterilizēšanai ietver šļirces izskalošanu ar ūdeni un balinātāju.
Lai veiktu šļirces sterilizāciju ar ūdeni un balinātāju, šļirce jāpiepilda līdz pusei ar maisījumu un pirms šķidruma izšļakstīšanas enerģiski jāsakrata. Šis process ir jāatkārto, līdz šļircē nav atrodamas asiņu vai zāļu pēdas, pirms tā vairākas reizes tiek izskalota ar tīru ūdeni. Tas nenovērsīs visus vīrusus, baktērijas vai citus piesārņotājus, un to drīkst veikt tikai ārkārtas gadījumos, kad nav pieejama sterila šļirce.