Kopā ar tūkstošiem citu ebreju ģimeņu franki pameta nacistisko Vāciju 1930. gadu sākumā pieaugošā antisemītisma laikā, galu galā izveidojot sev jaunu māju Amsterdamā. Otto Franks un viņa sieva Edīte kopā ar savām meitām Margotu un Ansi tur atsāka normālu dzīvi līdz 1940. gadam, kad Vācija iebruka Nīderlandē. Kad Margota 1942. gada jūlijā saņēma gestapo pavēli pieteikties darba nometnē, ģimene kopā ar četriem citiem slēpās. Viņi palika slēpti divus gadus, līdz tika atklāti 1944. gada augustā. Pasaule vēlāk uzzināja par viņu slepeno dzīvi, kad Annas Frankas dienasgrāmatu 1947. gadā publicēja viņas tēvs, kurš bija vienīgais ģimenes loceklis, kurš izdzīvoja holokaustā. Pēc visa spriežot, Annas vecākā māsa Margota bija arī talantīga rakstniece un dziļa domātāja. Zināms, ka Margota franku slēpšanās gados glabāja pati savu dienasgrāmatu, taču tā nekad nav atrasta.
Pēc slepenā pielikuma:
Jaunas meitenes dienasgrāmata kļuva par vienu no vēsturē slavenākajiem stāstiem par ebreju pieredzi Otrā pasaules kara un holokausta laikā, un tā tika tulkota 70 valodās. Anne grāmatā piemin Margotas dienasgrāmatu.
Pēc viņu atklāšanas Franku ģimene tika arestēta un nogādāta Vesterborkas tranzīta nometnē, bet pēc tam uz Aušvicu, kur Edīte Frenka nomira no bada. Margota un Anne tika pārvestas uz Bergenu-Belsenu Vācijas ziemeļos.
Tiek uzskatīts, ka 19 gadus vecā Margota un 15 gadus vecā Anne saslimušas ar tīfu Bergenā-Belzenē un tur mirušas 1945. gada februārī vai martā — tikai dažas nedēļas pirms Lielbritānijas armijas atbrīvošanas nometnē.