Septiskās sistēmas, ko izmanto mājsaimniecības un citu notekūdeņu attīrīšanai, parasti izmanto baktērijas, lai palīdzētu pārstrādāt atkritumus galaproduktā, ko sauc par notekūdeņiem. Anaerobās sistēmās ir baktērijas, kurām atkritumu apstrādei nav nepieciešams skābeklis. Tomēr aerobā sistēmā ir nepieciešams skābeklis. Tas parasti ir jāiesūknē sistēmā, lai nodrošinātu, ka baktērijas spēj apstrādāt atkritumus. Aerobām sistēmām ir daži trūkumi salīdzinājumā ar anaerobām sistēmām, taču tās ir piemērotākas lietošanai noteiktos apstākļos.
Aerobā sistēmā baktērijas tiek izmantotas notekūdeņu iepriekšējai attīrīšanai drošai likvidēšanai. Šādas baktērijas izmanto skābekli un atkritumus, kas iesūknēti turēšanas tvertnē, kā enerģijas avotus to izdzīvošanai un augšanai. Tā rezultātā notiek atkritumu sadalīšanās un kaitīgo mikroorganismu koncentrācijas samazināšanās gala šķidrajā atkritumu produktā. Ir trīs aerobās apstrādes sistēmu (ATS) pamatveidi: suspensijas augšanas sistēma, sekvencēšanas partijas reaktors un fiksētas plēves reaktors.
Baktērijas peld visā galvenajā tvertnē suspendētās augšanas sistēmā. Gaiss tiek sūknēts visā šķidrajos atkritumos. Apstrādātie cietie atkritumi nogulsnējas sekundārajā tvertnē, un baktērijas tiek pārvietotas atpakaļ uz galveno tvertni. Pēc tam apstrādātie šķidrie atkritumi tiek izvadīti no ATS. Lai novērstu apturētās augšanas sistēmas aizsērēšanu, ir svarīgi uzturēt pareizu atkritumu, notekūdeņu un baktēriju līdzsvaru.
Sekvencēšanas partijas reaktors ir līdzīgs suspendētās augšanas sistēmai, jo baktērijas brīvi peld visā tvertnē. Tomēr sadalīšanās un nosēšanās notiek tikai vienā tvertnē. Gaiss tiek piegādāts šai atsevišķai tvertnei tikai sadalīšanās fāzē. Tas tiek izslēgts nostādināšanas fāzē, lai ļautu cietajām vielām nogulsnēties tvertnes apakšā. Pēc tam notekūdeņi tiek izsūknēti no tvertnes, tādējādi pabeidzot ciklu.
Kamēr baktērijas brīvi peld šajos divu veidu sistēmās, baktērijas fiksētās plēves reaktorā ir pievienotas noteiktai virsmai. Sadalīšanās notiek vienā tvertnē, un nostādināšana notiek otrā tvertnē. Gaiss tiek piegādāts tikai sadalīšanās tvertnes zonai ar virsmu, kurai ir pievienotas baktērijas. Baktēriju recirkulācija atpakaļ sadalīšanās tvertnē nav nepieciešama, jo baktērijas vienmēr paliek piestiprinātas pie virsmas, uz kuras tās aug.
Jebkura šāda veida aerobā sistēma parasti ir dārgāka nekā tradicionālā anaerobā sistēma gan sākotnējo izmaksu, gan apkopes ziņā. Šādām sistēmām parasti ir sarežģītāka konstrukcija un tajās ir vairāk kustīgu daļu nekā tradicionālās sistēmas. Tiem ir nepieciešama elektrība sistēmai, kas cirkulē gaisu sadalīšanās fāzē, tāpēc tie rada arī pastāvīgas ekspluatācijas izmaksas.
Neskatoties uz augstākām izmaksām, kas saistītas ar šādu sistēmu, aerobā sistēma noteiktos apstākļos var būt vispiemērotākā vai, iespējams, pat vienīgā iespēja. Augstākas kvalitātes notekūdeņu ražošana padara šādu sistēmu labi piemērotu jutīgām vides zonām. Telpas ierobežojumu dēļ var būt nepieciešama arī aerobā sistēma, kur nebūtu iespējams izveidot lielu drenāžas lauku.
Dažās vietās nav atļauts izmantot aerobās sistēmas valdības kodeksu un noteikumu dēļ. Citas atļauj izmantot aerobo sistēmu, taču īpašniekam ir jānoslēdz līgums ar speciālistu, lai nodrošinātu pareizu sistēmas apkopi. Dažās vietās var būt nepieciešami trauksmes signāli, lai brīdinātu īpašnieku par sistēmas darbības traucējumiem. Aerobās sistēmas uzstādīšanas un apkopes kodeksus un noteikumus parasti pārvalda valsts vai vietējās aģentūras, piemēram, veselības departaments.