Lai gan mikrobi vai dzīvnieku šūnas var būt redzami zem mikroskopa, atsevišķas mazās šūnas daļas var būt grūti atšķirt, jo krāsas zem mikroskopa var izskatīties līdzīgi vai šūna ir caurspīdīga. Laboratorijas analītiķi, kas specializējas šūnu mikroskopiskajā analīzē, izmanto krāsošanas metodes, lai šūnai piešķirtu krāsas, lai viņi varētu skaidri redzēt daļas. Diferenciālā krāsošana attiecas uz krāsošanas veidu, kas ļauj analītiķim atšķirt dažādu veidu šūnas; tas ir vispārīgs termins, kas aptver dažādas krāsošanas procedūras.
Kad dzīvnieks tiek sadalīts šūnās, šūnas var atšķirties pēc izskata un funkcijas. Parasti dažādām sugām ir šūnu kopas, kas mikroskopā šķiet individuālas. Parastais sugu un grupu atšķirību piemērs ir veids, kā lielāko daļu baktēriju var sadalīt divās grupās, pamatojoties uz to reakciju uz noteikta veida traipu, ko sauc par Grama traipu. Hanss Kristians Grems bija dāņu mikrobiologs, kurš 1844. gadā pirmo reizi izgudroja traipu, kas joprojām tiek plaši izmantots kā noderīgs pirmais solis baktēriju identificēšanai laboratorijas apstākļos.
Diferenciālajā krāsošanā baktēriju populācijas paraugu apstrādā ar krāsvielu komplektiem procesā, kas ietver tādas darbības kā paraugu sildīšana un mazgāšana, lai krāsviela nonāktu visās šūnās. Dažādās darbībās tiek izmantotas krāsvielas, piemēram, kristālviolete un fuksīns, kā arī citas vielas, piemēram, alkohols un jods, lai palīdzētu nostiprināt krāsu. Šūnas, kas izskatās rozā, tiek identificētas kā gramnegatīvas, savukārt zilās krāsas šūnas procesa beigās ir grampozitīvas. Šī krāsu atšķirība palīdz mikrobiologam precīzi noteikt, kāda veida šūnu siena ir sugai, kas palīdz sašaurināt iespējamo sugu sarakstu, kurām pieder nezināms paraugs. Atšķirīgā krāsošanas process ne tikai norāda grama tipu, bet arī padara šūnu formas un izvietojumu skaidrākas, kas arī palīdz identificēt.
Dzīvnieku šūnas var arī šķirot zem mikroskopa ar diferenciālo krāsošanu. Piemēram, šūnas, kas cirkulē asinīs, atšķirīgi reaģē uz noteiktiem traipiem. Piemērs ir Raita traips, kurā ir iekļautas krāsvielas, piemēram, eozīns un metilēnzils, un kas laboratorijas analītiķim var pateikt, kāda veida asins šūnas ir paraugā un kādā koncentrācijā. Piemēram, eozinofila šūna mēdz uzņemt daudz eozīna krāsas, salīdzinot ar citām asins šūnām. Lai noskaidrotu, kuras šūnas ir paraugā, analītiķi parasti izmanto traipu krāsojumu, kas identificēts ar diferenciālo krāsošanu, kā arī citas šūnu īpašības, piemēram, izmērs, forma un iekšējās struktūras.