Biodegvielas pārstrādātājs ir jebkura veida iekārta — bieži vien līdzīga destilējam —, kas fermentācijas ceļā pārvērš biomasu degvielā. Biodegvielas avoti ir augi un vienkārši organismi, piemēram, aļģes. Visi šie iespējamie degvielas avoti ir jāapstrādā no to sākotnējās formas, ja tos paredzēts izmantot kā alternatīvas naftas degvielai.
Biodegvielas priekšrocības bieži vien sver apstrādes iekārtu ietekme un izmaksas. Piemēram, biodegvielas pārstrādātāji var pārvērst kukurūzu šķidrā degvielā, kas pazīstams kā etanols, bet kukurūzas audzēšanai var būt nepieciešami ievērojami resursi, tostarp enerģija. Ja biodegvielas ražošana maksā vairāk enerģijas, nekā to var nodrošināt, izmantojot to, bieži vien iekšdedzes dzinējos, parasti tiek uzskatīts, ka biodegvielas pārstrādātājam ir neefektīvs enerģijas bilance. No otras puses, ja biodegviela nodrošina vairāk enerģijas, nekā tās ražošana izmaksā, biodegvielas pārstrādātāju, kas radījis biodegvielu, var uzskatīt par efektīvu.
Biodegvielas pārstrādātājiem ir dažādi modeļi, jo vislabvēlīgākā enerģijas bilances noteikšana var būt izaicinājums. Mazie, lēti biodegvielas pārstrādātāji var ražot lētu, degošu degvielu, taču tie var nenodrošināt tādu pašu kvalitāti kā dārgāki un bieži vien sarežģītāki pārstrādātāji. Lielajiem pārstrādātājiem, piemēram, tiem, ko izmanto biodegvielas ražotnēs, var būt nepieciešams vairāk enerģijas, lai darbotos, un tādējādi samazināsies saražotās biodegvielas efektivitāte. Tomēr ir daudz biodegvielas pārstrādātāju, kas piedāvā labvēlīgu enerģijas izmaksu un biodegvielas ražošanas līdzsvaru.
Daudzi biodegvielas trūkumi ir saistīti ar pieejamo biodegvielas pārstrādātāju un avotu daudzveidību. Šie avoti bieži nodrošina atšķirīgu enerģijas bilanci, un tiem var būt vajadzīgas pilnīgi atšķirīgas iekārtas. Piemēram, biodegvielas pārstrādātājs, kas būvēts augam, kas aug tikai tropu vidē, var nenodrošināt labvēlīgu enerģijas bilanci, apstrādājot augus no tuksneša vides. Ļoti efektīviem biodegvielas avotiem — materiāliem, kas labi darbojas ar pareizā tipa pārstrādātājiem — bieži ir nepieciešams liels lauksaimniecības zemes apjoms, kas var samazināt pārtikas audzētājiem pieejamās aramzemes apjomu.
Neskatoties uz izaicinājumiem, kas saistīti ar efektīva biodegvielas pārstrādātāja izveidi, biodegvielas joprojām tiek uzskatītas par efektīvu alternatīvu enerģijas avotu uz naftas bāzes ražotām degvielām. Viens no šo koncepciju veicinošiem faktoriem ir resursu klāsts, ko var pārvērst biodegvielā. Iespējamie avoti var būt izmantotās cepamās eļļas, zaļās aļģes un augu materiāli, piemēram, kukurūza. Šiem biodegvielas avotiem bieži ir efektīvs biodegvielas pārstrādātājs.