Plašajam noslēpumu rakstīšanas žanram ir vairāki apakšžanri, kuriem ir unikālas un neatkarīgas iezīmes. Visiem noslēpumainajiem žanriem ir vismaz vienāda fundamentāla daļēja izpratne par stāstā notiekošo, tāpēc grāmatas gaitā ir jāatklāj viss stāsts. Dažus noslēpumaino žanrus var iedalīt pēc problēmas veida, citus pēc iestatījuma un vēl citus pēc cilvēkiem, kas problēmu risina. Ir arī daži apakšžanri, kas darbojas, apvienojot noslēpuma žanru ar citu žanru, piemēram, romantiku. Reizēm ir grāmatas, kas izaicina žanru, bet, tiklīdz tās kļūst popularizētas un bieži atkārtojas, tās kādreiz bez žanra grāmatas kļūst arī par saviem žanriem.
Viens no labākajiem veidiem, kā klasificēt noslēpumu žanrus, ir pēc detektīva veida, kurš atrisina lietu. Piemēram, privātdetektīvu romāni ir populārs noslēpumu apakšžanrs, tāpat kā amatieru izmeklētāju romāni. Daži cilvēki iet tik tālu, ka kā žanra aspektu norāda personas dzimumu, kas atrisina noziegumu. Dažos veidos šīs kategorijas, protams, ietver uzstādījumus, taču romānu sērijās noziegumu risinātājs parasti ceļo apkārt, lai radītu jaunus izaicinājumus.
Laiku un vietu, kur notiek noslēpums, var uzskatīt arī par apakšžanra noteicēju. Piemēram, vēsturiskie noslēpumu romāni ir viens no populārākajiem noslēpumu žanriem. Mājīgus noslēpumus, kas ir ļoti precīzi definēts romānu veids, nosaka gan to galvenā varone sieviete, gan mazpilsētas vide. Noslēpumaini stāsti, kas risinās tālā nākotnē, bieži izpaužas kā zinātniskās fantastikas noslēpumi, lai gan stāsta zinātniskās fantastikas elementi bieži aizēno noslēpumainos elementus, definējot grāmatas žanru.
Lai gan ne visi noslēpumainie stāsti ir saistīti ar noziegumu tādā nozīmē, ka problēma bija pretrunā ar likumu, lielākā daļa ir saistīta ar tāda veida problēmām, kas tiek risinātas kā noziegums. Piemēram, slepkavību noslēpumi un kaperu stāsti parasti tiek uzskatīti par žanriem. Dažos gadījumos pats noziegums var nebūt pretrunā ar likumu, kā tas ir daudzos bērnu noslēpumos, kas saistīti ar bērnu līmeņa noziegumiem. Aizņemta rotaļlieta vai pazaudēts suns var būt noziegums bērnu noslēpumā, bet bērnu detektīvi romānos tikpat bieži atrisina lielus noziegumus, kas apgrūtina vietējās likuma amatpersonas.
Visbeidzot, daudzi noslēpumu žanri ir sadalīti pēc stila, kādā stāsts tiek stāstīts. Grūti vārīti detektīvromāni, ko parasti uzskata par noir stāstiem, tiek stāstīti pavisam savādāk nekā vēsturiskie romantikas noslēpumi. Dažādām kultūrām ir arī atšķirīgas noslēpumu romānu konvencijas, un angļu un japāņu noslēpumu žanri ir nedaudz atšķirīgi. Daudzos gadījumos noslēpumains stāsts šķērso daudzus žanrus, un ir jāizgudro jauni termini, lai tiktu galā ar pasakām, kas nepakļaujas žanram.