Ir vairāki paņēmieni augļu mušu ierobežošanai virtuvē, tostarp metodes invāziju novēršanai un ātrai to izbeigšanai. Pirms izskaušanas kampaņas sākšanas ir svarīgi precīzi identificēt mušas, jo augļu mušām efektīvas metodes var nedarboties ar citām sugām. Augļu mušas ir mazas, un tās mēdz piesaistīt augļiem un saldumiem, kas atstāti uz letes. Tās mēdz būt arī biežākas rudenī.
Lai novērstu augļu mušu invāziju, ir svarīgi noņemt pārtikas un ūdens avotus. Ir jānovērš noplūdes un citi iespējamie mitruma ceļi. Tas samazinās arī skudras un citus nevēlamus apmeklētājus. Ja svaigus augļus vajag izlaist un tos nevar noslēgt traukos, tie jāglabā aizsijātā traukā, lai mušas neieplūstu. Ieteicams arī aizsijāt visus atvērtos logus, lai augļu mušas un citi kukaiņi neiekļūtu mājā. Noderēs arī virtuves skrupulozi tīrības uzturēšana un visu pārstrādes produktu, īpaši sodas kārbu un pudeļu, kārtīga izskalošana. Tas novērš iespējamās atrakcijas, padarot virtuvi mazāk interesantu augļu mušām.
Cilvēkiem, kuriem virtuvē ir problēmas ar augļu mušām, mušu papīrs var palīdzēt mušas notvert, lai tās noņemtu. Slazdi ir arī noderīgi; ļoti vienkāršu slazdu var izveidot, ielejot dažas unces etiķa vai ieliekot burkā nelielu augļa gabalu un uzliekot tai papīra piltuvi ar nelielu atvērumu uz leju. Mušas var iekļūt piltuvē, bet tām ir grūti aizbēgt. Kad lamatas ir pilnas, augļu mušas var iznest ārā.
Insekticīds ir arī iespēja, taču tas jālieto uzmanīgi. Ķīmiskie aerosoli var būt bīstami bērniem un mājdzīvniekiem. Drošības nolūkos mušu slazdi ar ēsmu jāglabā prom no pārtikas un bērniem un dzīvniekiem nepieejamā vietā, kā arī tie nekavējoties jāiztukšo, lai izvairītos no beigtu mušu uzkrāšanās.
Drenāžas dažreiz ir paredzētas kā augļu mušu avots vai pievilcējs virtuvē. Dažas blaktis vairojas notekcaurulēs, taču biežāk notekcaurulē notvertie organiskie materiāli pievilina mušas, un cilvēki domā, ka mušas nāk no notekcaurulēm, jo redz tās lidinām ap atverēm. Drenā var ieliet fermentatīvu tīrīšanas līdzekli, lai izšķīdinātu sacepto pārtiku un ļautu to izskalot. Cepamās sodas un etiķa izliešana kanalizācijā un pēc tam ar verdošu ūdeni var būt arī efektīva.