Lai gan Alabama kļuva par štatu 1819. gadā, tās štata karoga vēsture sākās tikai 1861. gadā, kad tika pieņemts lēmums izstāties no Savienības. 1861. gada janvārī Secesijas konvencijā delegāti pieņēma pirmo Alabamas štata karogu. Šis karogs tika izmantots tikai dažas nedēļas; līdz 1861. gada martam Alabamas štatā tā vietā sāka izmantot pirmo no diviem Konfederācijas karogiem kā savu. 1865. gadā pēc pilsoņu kara beigām ASV karogs kļuva par Alabamas oficiālo karogu. Visbeidzot, 1891. gadā Alabama izstrādāja un galu galā pieņēma unikālu karogu, kas kopš tā laika ir plīvojis virs valsts.
1861. gada Alabamas štata karogu Montgomerijā izstrādāja neliela sieviešu grupa. Karoga vienā pusē bija redzama Brīvības dievietes figūra, kas vienā rokā turēja zobenu, bet otrā rokā mazāku karogu ar vienu zvaigzni; virs attēla parādījās vārdi “Neatkarīgs tagad un mūžīgi”. Otrā pusē bija satītas klaburčūska un kokvilnas augs ar uzrakstu “Touch Me Not” zem šī attēla. Šo karogu dažreiz dēvē par Secesijas konvencijas karogu vai Alabamas Republikas karogu. Apmēram mēnesi pēc tam, kad tas tika pieņemts par Alabamas štata karogu, spēcīga vētra to sabojāja, un karogs tika noņemts un vairs netika plīvots.
Neilgi pēc tam, kad tika noņemts pirmais Alabamas štata karogs, štats izvēlējās izmantot Konfederācijas nacionālo karogu. Oficiālos gadījumos tika plīvots pirmais valsts karogs vai otrais konfederācijas valsts karogs. Kad pilsoņu karš 1865. gadā bija beidzies, šie karogi tika noņemti, un Alabamā atkal tika izmantots ASV karogs.
Alabamā ASV karogu izmantoja līdz 1891. gadam, kad tika pasūtīts jauns štata karoga dizains. Visbeidzot, 1895. gadā likumdevējs apstiprināja jaunu karogu, kas joprojām ir Alabamas štata karogs. Apstiprinātais dizains tika veidots uz Konfederācijas kaujas karoga un kļuva par Alabamas otro oficiālo štata karogu.
No visiem 50 štatu karogiem Alabamas karoga dizains ir viens no vienkāršākajiem. Saskaņā ar likumu Alabamas karogs ir sārtināts Sv. Andreja krusts, kas novietots pret baltu lauku. Karogā izmantotās krāsas simbolizē drosmi un tīrību, savukārt krusts atspoguļo daļu no Konfederācijas kaujas karoga dizaina. Tā kā likumdošana nenosaka, vai karogam jābūt taisnstūrveida vai kvadrātveida, tas ir redzams abpusēji.