Augļa alkohola sindromu parasti nevar izārstēt, taču dažus tā simptomus var ārstēt, īpaši, ja tie tiek atklāti agrīnā dzīves posmā. Piemēram, sirds defektus, kas bieži ietver caurumu vai troksni, var ārstēt ar operāciju. Citus fiziskus simptomus, piemēram, dzirdes un redzes zudumu, bieži var ārstēt ar dzirdes aparātiem un brillēm. Protams, parasti ar dzeršanu grūtniecības laikā ir saistītas garīgas problēmas, piemēram, atpalicība, mācīšanās traucējumi un grūtības ar spriešanu. Tipiska augļa alkohola sindroma simptomu ārstēšana, piemēram, ietver īpašas nodarbības skolā, kā arī sociālos pakalpojumus agrīnā stadijā.
Viens no biežākajiem augļa alkohola sindroma simptomiem ir sirds defekts. Tas var ietvert troksni, kas ir diezgan viegla novirze, kas ir arī dažiem citādi veseliem bērniem. No otras puses, daži bērni ar augļa alkohola sindromu var ciest no kambaru starpsienas defekta, kas raksturo caurumu sienā starp labo un kreiso kambari. Vēl viena iespējama problēma, kas saistīta ar augļa alkohola sindromu, ir priekškambaru starpsienas defekts, kurā siena starp augšējām kamerām neaizveras. Šādus defektus var novērst ar operāciju, taču šāda veida augļa alkohola sindroma problēmu ārstēšana bieži tiek uzskatīta par sarežģītu un ne vienmēr ir veiksmīga.
Ir arī citi augļa alkohola sindroma fizisko simptomu ārstēšanas veidi. Piemēram, dzimšanas brīdī ausis var būt deformētas, izraisot dzirdes zudumu zīdaiņa vecumā. To var atrisināt ar dzirdes aparātiem, kā arī plastisko ķirurģiju, lai vajadzības gadījumā mainītu ausu izskatu. Redzes zudums ir vēl viens bieži sastopams šīs slimības simptoms, kas bieži vien prasa brilles agrīnā vecumā. Lai gan tiek ārstēti tādi augļa alkohola sindroma fiziskie simptomi kā šie, dažus parasti nevar novērst, piemēram, neparasti mazu galvu vai ķermeni.
Daži no satraucošākajiem šīs slimības simptomiem ir garīgi traucējumi. Piemēram, garīga atpalicība, runas un valodas aizkavēšanās un mācīšanās traucējumi ir tikai dažas no galvenajām problēmām. Tie bieži vien prasa vairākus gadus ilgu ārstēšanu jau no agras bērnības, piemēram, uzvedības vadības apmācību, kā arī konsultācijas par to, kā tikt galā ar stresu. Turklāt bērniem jāpiedāvā pielāgota augļa alkohola sindroma ārstēšana, kad viņi sāk mācīties skolā, jo bieži vien viņiem ir nepieciešamas īpašas nodarbības, lai sasniegtu savam vecumam raksturīgos pavērsienus. Speciālās izglītības nodarbības var ļaut viņiem gūt panākumus skolā, neskatoties uz viņu mācīšanās traucējumiem, hiperaktivitāti un nespēju normāli spriest.