Medicīnisko atkritumu izvešana prasa īpašu piesardzību, jo medicīniskie un biomedicīnas atkritumi ir ļoti bīstami. Šāda veida atkritumos var būt bīstami šķidrumi, cietas vielas, ķīmiskas vielas un asi priekšmeti. Medicīniskie atkritumi var radīt nopietnus draudus veselībai un videi, ja tie tiek nepareizi iznīcināti. Ir vairākas pareizas un samērā drošas metodes bioloģiski bīstamu materiālu izņemšanai un iznīcināšanai, tostarp sadalīšana pēc krāsas saskaņotos, marķētos un aizzīmogotos konteineros; sterilizācija ar tvaiku; sadedzināšana; un sasmalcināšana.
Medicīniskie atkritumi galvenokārt rodas vietās, kur tiek ārstētas un diagnosticētas slimības vai kur tiek apstrādāti miruši cilvēki un dzīvnieki. Tipiskas vietas, kur regulāri nepieciešama medicīnisko atkritumu izvešana, ir slimnīcas, patversmes aprūpes iestādes, morgi, laboratorijas un veterinārie biroji. Iestāde bieži paļaujas uz ārējiem darbuzņēmējiem, lai apglabātu un apsaimniekotu medicīniskos atkritumus, nevis mēģinātu paši par tiem rūpēties.
Lielākajai daļai medicīnisko atkritumu izvešanas metožu jāsākas telpās, kur tie tiek ražoti. Parasti tiek ieviestas stingras procedūras dažādu veidu bīstamo materiālu sākotnējai ierobežošanai, galvenokārt ietverot to atdalīšanu no cita veida atkritumiem. Piemēram, adatas un citi asi priekšmeti jāsavāc īpaši marķētos un krāsainos konteineros; tas pats attiecas uz citiem bioloģiskiem apdraudējumiem, piemēram, līķiem, ķīmiskām vielām, toksīniem un vīrusu piesārņojumu. Tas ne tikai palīdz atbrīvoties no priekšmetiem, bet arī novērš dažādu veidu bioloģisko apdraudējumu savstarpēju inficēšanos.
Atkārtoti lietojamu medicīnisko iekārtu tīrīšana un sterilizācija ir vēl viens medicīnisko atkritumu izvešanas veids. Šīs ir populāras metodes, un tās ļauj droši turpināt izmantot dārgu aprīkojumu. Tīrīšanas metodes ietver sterilizāciju mikroviļņu krāsnī, tvaiku un ķīmisko tīrīšanu. Piemēram, cilvēku asinis pēc sterilizācijas ar tvaiku parasti var ieliet parastajā kanalizācijā.
Kad medicīniskie atkritumi ir savākti, tie bieži ir jāiznīcina, lai tie nevarētu atgriezties vidē. Sadedzināšana ir populāra metode medicīnisko atkritumu iznīcināšanai, kur tie tiek pakļauti ārkārtīgi augstām temperatūrām un detoksicēti. Tomēr tas attiecas tikai uz noteiktiem medicīnisko atkritumu veidiem; dažu veidu dedzināšana var izraisīt citus bīstamus materiālus, piemēram, dzīvsudrabu vai dioksīnu. Tāpat asus priekšmetus var izkausēt vai sasmalcināt, lai samazinātu bīstamāku situāciju un vides negadījumu iespējamību.
Daudzās valstīs bīstamo atkritumu izvešanu regulē valdība, lai nodrošinātu iedzīvotāju vispārējo drošību un labklājību. Piemēram, Amerikas Savienotajās Valstīs Vides aizsardzības aģentūra (EPA) nosaka noteikumus un vadlīnijas drošai bīstamo atkritumu izvešanai, transportēšanai un iznīcināšanai. Apvienotajā Karalistē šādus norādījumus sniedz Vides aģentūra.