Papagaiļi ir putni, kas redzami dažādās krāsās, svītrās un mutācijās. Šāda veida putniem vienmēr būs pamatkrāsa, kas redzama dzeltenā vai baltā pigmentācijā. Pamatkrāsa ir redzama zem kontūrspalvām un svītrām, savukārt primārā krāsa var atšķirties. Dažas no izplatītākajām papagaiļu primārajām krāsām ir dzeltena, zaļa un zila. Violetās, baltās un pelēkās papagailes netiek ražotas tik bieži.
Putnu audzētāji parasti cenšas panākt neparastu papagaiļu un papagaiļu krāsu modeļus. Tas ir tāpēc, ka daudzi perspektīvie papagaiļu īpašnieki pieprasa neparastas krāsas, rakstus un mutācijas, un šie retumi bieži vien prasa augstāku cenu. Audzējot nebrīvē, bieži vien būs pieejams plašs papagaiļu krāsu klāsts. Daži putnu eksperti uzskata, ka krustošanās, cenšoties panākt noteiktas mutācijas, var izraisīt ģenētisku defektu, pakļaujot putnus slimībām vai defektiem. Tomēr dzīvnieki ar dažām krāsu mutācijām ir izrādījušies tikpat izturīgi un ilgi dzīvojoši kā savvaļā sastopamie putni ar dabīgām krāsām.
Savvaļā papagailes krāsas pamatā ir tumši zaļas. Savvaļas papagailes apspalvojums palīdz to maskēt no Austrālijas dabiskās dzīvotnes briesmām. Plēsējiem, piemēram, čūskām un lielākām putnu sugām, ir grūti pamanīt dabiskās tumši zaļās papagailes krāsas starp kokiem un laukiem.
Visplašāk pieejamās papagaiļu krāsas ir zaļa un zila. Eksotisko putnu audzētāji uzskata, ka zilā krāsa ir visvieglāk iegūstamā krāsa, pārojot papagailes pēc krāsas. Zilās papagailes var atrast dažādos toņos, piemēram, gaiši zilā vai tumši zilā krāsā.
Pārojot tumši zilu papagaili ar tumši dzeltenu šķirni, rezultāti var atšķirties. Papagailes pēcnācēji var būt zaļi, dzelteni, zili vai pat violeti. Violetas vai violetas mutācijas neparastais izskats tiek uzskatīts par pievilcīgu un vēlamu.
Audzējot nebrīvē, nereti tiek atrastas pārdošanai daudzkrāsainas papagaiļu variācijas. Šos neparastos modeļus ļoti vēlas daudzi putnu īpašnieki. Daži piemēri ir gaiši zili papagaili ar baltiem plankumiem vai balti papagaili ar zaļiem plankumiem.
Papagailes dzimumu ir viegli noteikt, kad tas sasniedz briedumu. Papagailes tēviņu no mātītes var atšķirt, vienkārši pamanot putna cereņu krāsu. Cere jeb gaļīgā āda, kas ieskauj nāsis, papagaiļa tēviņiem būs tumši zilā krāsā, savukārt mātītei būs tumši iedeguma vai brūna krāsa.