Amoksicilīna mijiedarbība var ietvert nevēlamas zāļu kombinācijas, kā arī konfliktus ar pamata slimībām. Medikamenti, piemēram, metotreksāts, citas antibiotikas, dzimstības kontrole un daži pretvīrusu līdzekļi, var būt pretrunā ar amoksicilīnu. Pacienti ar kolītu un nieru darbības traucējumiem, iespējams, nevarēs droši lietot šīs zāles vai var būt nepieciešama devas pielāgošana. Pirms cilvēki sāk lietot amoksicilīnu, viņi var apspriest savu slimības vēsturi ar aprūpes sniedzēju, lai noteiktu, vai tas ir piemērots viņu vajadzībām.
Metotreksāts, zāles, ko lieto dažādu slimību, tostarp dažu vēža, ārstēšanai, var būt pretrunā ar amoksicilīnu. Abas zāles tiek apstrādātas caur nierēm, kuras, iespējams, nespēs tikt galā ar tām kopā. Tas var izraisīt metotreksāta līmeņa paaugstināšanos asinīs, kas var izraisīt blakusparādības. Medicīnas speciālisti var ieteikt nekombinēt šīs divas zāles, jo zāļu mijiedarbība var būt nozīmīga. Pacienti, kuri jau lieto metotreksātu, lai ārstētu esošu veselības problēmu, var apspriest iespējas un alternatīvas, ja viņiem ir nepieciešams lietot antibiotikas infekcijas ārstēšanai.
Citas antibiotikas var arī būt pretrunā ar amoksicilīnu, jo tās bieži tiek apstrādātas arī caur nierēm, un abas zāles var pārslogot nieres, izraisot vienas vai vairāku zāļu koncentrācijas palielināšanos. Pacientiem var arī neieteikt kombinēt antibiotikas, jo tas var veicināt zāļu rezistences attīstību. Ir zināms, ka varfarīns, antikoagulants, arī izraisa amoksicilīna mijiedarbību. Var rasties bieža asiņošana un zilumi, jo organisms nevar pietiekami ātri izvadīt varfarīnu un tas traucē normālu recēšanu.
Entekavirs, pretvīrusu zāles, ko parasti lieto B hepatīta infekciju ārstēšanai, ir saistīta arī ar amoksicilīna mijiedarbību. Hormonālā dzimstības kontrole var būt mazāk efektīva, kamēr pacienti lieto amoksicilīnu, un ir ieteicama rezerves metode, lai novērstu grūtniecību. Ir svarīgi turpināt lietot šo metodi vairākas dienas pēc antibiotiku terapijas beigām, lai pārliecinātos, ka amoksicilīns tiek pilnībā izvadīts no organisma, dodot iespēju dzimstības kontrolei atsākt darboties.
Citas amoksicilīna mijiedarbības var ietvert pamata slimības. Šīs zāles var palielināt kuņģa-zarnu trakta kairinājumu pacientiem ar kolītu, zarnu iekaisumu. Antibiotiku lietošanas laikā viņiem var rasties caureja, vēdera krampji un diskomforts. Turklāt pacientiem ar nieru darbības traucējumiem, īpaši, ja viņiem nepieciešama dialīze, lai atbalstītu nieru mazspēju, var rasties amoksicilīna mijiedarbība. Šie pacienti nevar izvadīt zāles, izmantojot normālu metabolismu, un viņiem var rasties smagu blakusparādību risks, nepielāgojot devu, lai samazinātu slodzi uz nierēm.