Lai gan bakteriālu infekciju ārstēšanai ir pieejamas daudzas antibiotikas, daži veidi tiek uzskatīti par vislabākajiem hlamīdiju ārstēšanai. Divas pirmās izvēles antibiotikas hlamīdiju ārstēšanai, ko parakstījuši lielākā daļa ārstu, ir azitromicīns un doksiciklīns. Eritromicīns, ofloksacīns un levofloksacīns ir zāles, kuras var arī parakstīt, un amoksicilīnu dažreiz lieto grūtnieču ārstēšanai. Katram medikamentam ir plusi un mīnusi attiecībā uz dozēšanas režīmu, cenu un blakusparādībām.
Azitromicīns tiek uzskatīts par vienu no divām labākajām antibiotikām hlamīdiju ārstēšanai. To ir ļoti viegli lietot, nepieciešama tikai viena deva, un tas izārstē slimību 95% gadījumu. Cilvēkiem ar hroniskiem, atkārtotiem hlamīdijas gadījumiem īpaši labi klājas, ārstējot ar šīm zālēm, un to uzskata par drošu grūtniecības laikā. Zāļu trūkumi ir tādi, ka tās mēdz būt dārgākas nekā citas ārstēšanas metodes un var izraisīt sliktu dūšu vai vemšanu.
Otrā no vispiemērotākajām hlamīdiju antibiotikām ir doksiciklīns. Šīs zāles ir lietotas hlamīdiju ārstēšanai ilgāk nekā citas, un, tāpat kā azitromicīns, tās ir 95% veiksmīgas, ja tās lieto pareizi. Tomēr deva ir daudz mazāk vēlama, jo tā jālieto četras reizes dienā septiņas dienas, tāpēc ir lielāka iespēja, ka pacienti neievēros shēmu pareizi vai līdz galam. Tas var izraisīt arī sliktu dūšu, vemšanu un rauga infekcijas sievietēm, un to nedrīkst lietot grūtniecības vai zīdīšanas laikā. Viena no tā priekšrocībām ir tā, ka tas ir lētāks nekā azitromicīns.
Ir vairākas citas zāles, kuras var izrakstīt kā hlamīdiju antibiotikas un kuras ir zināmas kā efektīvas slimības ārstēšanā. Ofloksacīnam un levofloksacīnam, divām līdzīgām zālēm, izārstēšanas ātrums ir salīdzināms ar azitromicīnu un doksiciklīnu, taču tie maksā vairāk un prasa septiņu dienu dozēšanas režīmus, kā arī rada cīpslu bojājumu risku lietošanas laikā. Tāpēc tiem ir maz priekšrocību salīdzinājumā ar citām zālēm. Eritromicīns ir vēl viena iespēja; tas ir lētāks nekā citas ārstēšanas metodes, un grūtnieces to var lietot, taču tās ir mazāk efektīvas nekā dažas citas zāles, tās jālieto septiņas dienas un var izraisīt smagu sliktu dūšu un vemšanu. Amoksicilīnu dažreiz iesaka arī grūtniecēm ar hlamīdijām, lai gan tā izārstēšanas ātrums nav tik augsts kā azitromicīns, un tas arī jālieto septiņas dienas, lai tas būtu efektīvs.