Visbiežāk sastopamās benzonāta blakusparādības ir reibonis, miegainība, aizcietējums un deguna nosprostošanās. Bieži ir arī slikta dūša, galvassāpes un kuņģa darbības traucējumi. Lai gan šīs zāles parasti panes lielākā daļa cilvēku, var rasties smagas blakusparādības un alerģiskas reakcijas. Nopietnas benzonāta blakusparādības var būt krampji, aizrīšanās, halucinācijas un balsenes spazmas. Smagas alerģiskas reakcijas var ietvert apgrūtinātu elpošanu, sāpes krūtīs un sēkšanu, un tiem, kam tās rodas, jāmeklē neatliekamā palīdzība.
Benzonatāts ir pretklepus līdzeklis vai klepus nomācošs līdzeklis. Zāles samazina klepus refleksu gaisa kanālos un plaušās. Ja rodas benzonāta blakusparādības, tās parasti ir saistītas ar lielu zāļu devu lietošanu vai ilgstošu lietošanu. Ja rodas benzonāta blakusparādības, neatkarīgi no smaguma pakāpes, veselības aprūpes sniedzējs var ieteikt alternatīvu ārstēšanas plānu.
Lai nodrošinātu benzonāta drošību, kapsulas, kas pildītas ar šķidru benzonātu, nekādā gadījumā nedrīkst lauzt. Kapsulas jānorij veselas, tās nekad nedrīkst sakošļāt, sasmalcināt vai izšķīdināt mutē. Šo zāļu lietošana citā formā, kas nav parakstīta, var veicināt nopietnas benzonāta blakusparādības. Ja benzonatāts nonāk saskarē ar mutes gļotādām, var rasties tirpšana vai nejutīgums, izraisot smagu reakciju. Ja tas notiek, nekavējoties jāmeklē medicīniskā palīdzība.
Šīs zāles dažreiz var mijiedarboties ar citām zālēm, vitamīniem, augu izcelsmes produktiem vai uztura bagātinātājiem. Pirms benzonāta izrakstīšanas veselības aprūpes sniedzējam ir jāievāc pilnīga slimības vēsture, lai noteiktu, vai tā lietošana indivīdam ir droša. Benzonatāts var nebūt piemērots grūtniecēm, sievietēm, kuras baro bērnu ar krūti, vai sievietēm, kuras plāno grūtniecību. Šīs zāles var iekļūt mātes pienā un ietekmēt bērnu.
Ja benzonatāts nejauši tiek uzņemts lielās devās, personai nepieciešama neatliekamā medicīniskā palīdzība. Benzonāta pārdozēšanas pazīmes var būt krampji, nemiers, apjukums un nekontrolējama trīce. Šie simptomi var parādīties ļoti ātri, un, ja tie netiek atpazīti un ārstēti, prognoze var būt nelabvēlīga. Šīs zāles nekad nedrīkst lietot, ja tās ir novecojušas. Tas arī jāizmet, kad klepus ir pārgājis.
Alternatīvi līdzekļi benzonāta ārstēšanai ietver bezrecepšu klepus nomācošu līdzekļu lietošanu, gulēšanu ar iztvaicētāju un recepšu klepus medikamentu vai antibiotiku lietošanu. Klepus var izraisīt bakteriāla infekcija, ko var atrisināt, lietojot antibiotikas. Tomēr vīrusu infekcijas, kas izraisa klepu, nereaģēs uz antibiotiku terapiju.