Ja septiskā tvertne nav pareizi projektēta, lietota vai uzturēta kārtībā, var rasties problēmas. Visbiežāk sastopamās septiskās tvertnes problēmas parasti ietver aizsērējumus, nepatīkamas smakas un ūdens piesārņojumu. Septiskās tvertnes problēmas var būt ļoti nepatīkamas, un dažos gadījumos to novēršana ir ļoti dārga. Izpratne par šo problēmu cēloņiem var būt būtiska, lai nodrošinātu pareizu septisko tvertņu kopšanu un apkopi.
Pārmērīga izmantošana ir galvenais septiskās tvertnes problēmu cēlonis, tāpat kā tvertnes nesūknēšana, kad tas ir nepieciešams, jo tas veicina cieto vielu uzkrāšanos. Katrai septiskajai tvertnei ir nepieciešamas arī jumta ventilācijas atveres, kas nodrošina vienmērīgu spiedienu sistēmā. Ja šīs ventilācijas atveres ir bojātas vai aizsērējušas, tās var izraisīt smaku.
Pārāk daudz ūdens septiskajā tvertnē var iespiest cietās vielas izskalošanās laukā, kas var izraisīt aizsērējumus vai kaitējumu videi. Sistēmas pārslogošana ar pārāk daudz ūdens var izraisīt arī tās atteici vai izslēgšanos.
No otras puses, pārāk maz ūdens var izraisīt arī problēmas, tostarp izraisīt baktēriju iznīcināšanu sistēmā. Baktērijas ir nepieciešamas, lai neitralizētu slāpekli, kas tiek ražots septiskajās tvertnēs. Ja sistēmā ir pārāk daudz slāpekļa, tas var izraisīt dzeramā ūdens piesārņojumu.
Nepareizu priekšmetu izmešana septiskajā tvertnē ir vēl viens vaininieks, kas ir atbildīgs par septiskās tvertnes problēmām. Tualetē vai kanalizācijā drīkst izliet tikai bioloģiski noārdāmus priekšmetus. Bioloģiski nenoārdāmi priekšmeti aizsprosto caurules un izraisīs atkritumu noplūdi augsnē. Plastmasa ir īpaši cieta, ja ne neiespējama, lai septiskā sistēma sabojātos.
Eļļas ievietošana septiskajās tvertnēs arī radīs problēmas. Eļļai nebūs laika sadalīties, un tā aizsērēs augšējo kameru un ieplūdes notekas. Rezultātā radīsies nepatīkama smaka un grūtības iztukšot septisko tvertni, kad pienāks laiks. Pārmērīgs pārtikas daļiņu daudzums var izraisīt problēmas ar septisko tvertni, un tas ir jāierobežo.
Ķimikālijas var kaitēt sistēmai, un krāsas, šķīdinātāji vai pesticīdi var padarīt septisko tvertni pilnīgi nederīgu. Tie var arī novest pie tā, ka sistēma var kļūt par bīstamu videi. Spēcīga ķīmiska lietošana vai pulverveida tīrīšanas līdzekļu lietošana var arī veicināt slāpekļa uzkrāšanos.
Ja sistēma sāk izdalīt nepatīkamu smaku, tā ir droša zīme, ka pastāv septiskās tvertnes problēma. Tas varētu būt kaut kas tik vienkāršs kā nepieciešamība iztīrīt jumta ventilācijas atveres vai arī tas var nozīmēt, ka sistēma ir jāpumpē. Tas var arī nozīmēt, ka pārpildes sistēma nedarbojas.