Pacientiem, kam diagnosticēts smadzeņu audzējs, var būt ļoti atšķirīgs paredzamais dzīves ilgums. Lai noteiktu pacienta prognozi, svarīgi ir vairāki faktori. Pirmkārt, ļoti svarīgs ir esošā vēža veids, jo dažāda veida ļaundabīgiem audzējiem ir dažāda agresivitātes pakāpe. Svarīgi ir arī audzēja lielums un atrašanās vieta diagnozes noteikšanas laikā. Vēl viens būtisks smadzeņu audzēja prognozes faktors ir tas, vai primārais audzējs ir metastāzes vai izplatījies ķermeņa reģionos, kas atrodas tālu no smadzenēm.
Viens svarīgs faktors, kas ietekmē smadzeņu audzēja prognozi, ir esošā audzēja veids. Daudzas dažādas šūnas, kas atrodas smadzenēs, var attīstīties vēža veidojumos, un iegūtajiem audzējiem ir dažādas spējas palielināties un izplatīties uz citām ķermeņa daļām. Piemēram, viena veida smadzeņu audzējs, ko sauc par glioblastomu multiforme (GBM), ir ļoti agresīvs, un pacienti, kuriem diagnosticēts šis audzējs, parasti izdzīvo mazāk nekā gadu. Turpretim meningioma, kas ir audzējs, kas iegūts no membrānām, kas pārklāj smadzenes, aug daudz lēnāk un mazāk ticams, ka tā metastēs uz citām ķermeņa daļām. Pacientiem, kuri saņem šo vēža diagnozi, ir ilgāks dzīves ilgums.
Vēl viens svarīgs smadzeņu audzēja prognozes aspekts ir audzēja lielums diagnozes laikā. Parasti lielākiem audzējiem ir sliktāka prognoze nekā mazākiem audzējiem. Tas ir tāpēc, ka šiem lielākajiem audzējiem ir bijis vairāk laika augt, izplatīties un sapīties svarīgajās smadzeņu struktūrās. Lieli audzēji, kas atrodas smadzenēs, var būt īpaši bīstami, jo galvaskausā ir ierobežota vieta. Pārmērīga audzēja augšana var izraisīt smadzeņu trūci vai pārvietošanos ārpus galvaskausa, kas var izraisīt samaņas zudumu un elpošanas apstāšanos.
Atšķirībā no daudziem citiem audzēju veidiem, kas ietekmē dažādus ķermeņa orgānus, smadzeņu audzēja atrašanās vieta var ievērojami ietekmēt pacienta prognozi. Tas ir saistīts ar faktu, ka smadzeņu reģioni ir ļoti specializēti savās spējās kontrolēt ķermeņa darbības aspektus. Smadzeņu audzējs, kas ietekmē smadzeņu stumbru, var būt nāvējošs, jo šis smadzeņu reģions kontrolē svarīgus procesus, piemēram, elpošanu, sirdsdarbību un asinsriti. Tāda, kas atrodas smadzeņu priekšējā daivā, var izraisīt tikai personības izmaiņas un var nebūt uzreiz bīstama dzīvībai.
Tas, vai audzējs ir metastāzes, ietekmē arī smadzeņu audzēja prognozi. Vēža šūnas var izplatīties no smadzenēm uz citiem ķermeņa reģioniem caur limfātisko sistēmu vai asinīm. Lai gan smadzeņu audzēji nesniedz metastāzes tik bieži kā daži citi audzēji organismā, ja tie izplatās uz attāliem apgabaliem, pacienta prognoze ir diezgan slikta. Jāatzīmē, ka citi audzēji, piemēram, plaušu vēzis, krūts vēzis vai resnās zarnas vēzis, bieži metastāzes smadzeņu reģionā. Parasti metastāzes smadzenēs ir slikta prognostiska pazīme pacientiem ar šiem citiem vēža veidiem.