Hlorheksidīna blakusparādības ir dažādas, jo šo antiseptisku līdzekli izmanto dažādos preparātos. To parasti var atrast noteiktos mutes skalošanas līdzekļos, ziepēs vai ķirurģisko preparātu šķidrumos un kontaktlēcu šķīdumos. Ja vien cilvēkam nav sistēmiskas reakcijas uz vielu, piemēram, anafilaktiskais šoks, lielākā daļa reakciju notiek lokāli, kur hlorheksidīns nonāk saskarē ar ķermeni. Ja rodas negatīva ietekme, mutes skalošanas līdzekļi mēdz izraisīt simptomus mutē, ziepes izraisa ādas reakcijas, un kontaktlēcas vai acu ķirurģiskie šķīdumi var ietekmēt acis.
Ikvienam, kam ir alerģija pret šo ķīmisko vielu, var rasties sistēmiska reakcija uz tās lietošanu jebkurā formā. Šīs retākās hlorheksidīna blakusparādību pazīmes ir apgrūtināta elpošana un nātrene. Bieži ir arī mutes, sejas un mēles pietūkums. Šie simptomi prasa tūlītēju medicīnisko palīdzību.
Citos gadījumos hlorheksidīna blakusparādības mēdz parādīties apgabalā, kur notiek iedarbība. Piemēram, mutes dobuma skalošanas gadījumā ir novērotas blakusparādības, piemēram, palielināts aplikums, brūns vai melns traips uz zobiem un čūlas mutē. Ēdiens un dzērieni var garšot savādāk vai var rasties nevēlamas blakusparādības, piemēram, balta mēle vai smaganu asiņošana. Mutes skalošanas līdzekļa norīšana, kas nav ieteicama, var izraisīt arī kuņģa simptomus, piemēram, kuņģa-zarnu trakta darbības traucējumus un sāpes vai retos gadījumos kolītu.
Hlorheksidīna blakusparādības, kas saistītas ar saskari ar ādu, bieži ietver izsitumus. Daži pacienti atzīmē ādas dedzināšanu vai lobīšanos. Atkārtota lietošana var izraisīt pastāvīgu kairinājumu vai niezi. Dažiem cilvēkiem regulāras lietošanas rezultātā attīstās kontaktdermatīts, un viņiem ir jāpāriet uz ziepēm, kurās šīs sastāvdaļas nav. Dzīvniekiem var būt arī ādas kairinājums no hlorheksidīna, jo veterinārajā praksē ķīmisko vielu var izmantot brūču tīrīšanai.
Vairāki acu ķirurgi izmanto preparātus ar hlorheksidīnu, lai notīrītu un sagatavotu acis operācijai. Tās var būt saistītas ar lielāku blakusparādību risku, jo ķīmiskā viela ir lielākā daudzumā. Dažas blakusparādības, kas saistītas ar iedarbību, ir radzenes čūlas, acu sāpes vai konjunktīvas kairinājums un pietūkums, gļotāda, kas pārklāj acu baltumu. Retos gadījumos acu bojājumiem var būt nepieciešams radzenes remonts.
Šīs ķīmiskās vielas daudzums, ko izmanto kontaktlēcu šķīdumos, ir mazāks. Tomēr dažiem ir hlorheksidīna blakusparādības, tostarp acu sāpes vai acu kairinājums. Ja šie simptomi turpinās, cilvēkiem ieteicams runāt ar ārstiem vai vismaz pāriet uz kontaktlēcu šķīdumu, kas nesatur hlorheksidīnu.