Pilonidālo cistu ārstēšanai ir vairākas metodes atkarībā no infekcijas smaguma pakāpes un pacienta vajadzībām. Dažos gadījumos personai ar inficētu cistu var veikt pamata pilonidālās cistas ārstēšanu mājās. Citos gadījumos ārstēšanu var veikt, kad ārsts iztukšo cistu un iesaiņo brūci. Smagākajos gadījumos var būt nepieciešama operācija. Pilonidālās cistas ķirurģisko ārstēšanu parasti iedala divās grupās: atvērtas brūces operācija un slēgtas brūces ķirurģija.
Daudzas reizes, ja cista nav inficēta, pilonidālo cistu var ārstēt mājās bez medicīniskas iejaukšanās. Pacientiem regulāri jāmazgā vieta un jāglabā tā sausā veidā, lai izvairītos no infekcijas attīstības. Matu noplūkšana, kad tie parādās šajā vietā, var arī palīdzēt novērst infekciju. Daudzos gadījumos, ja var izvairīties no infekcijas, var izvairīties arī no agresīvākas ārstēšanas, piemēram, operācijas.
Vairumā gadījumu būs nepieciešama medicīniska iejaukšanās. Primārās aprūpes ārsts parasti sāk inficētas pilonidālās cistas ārstēšanu, inficētajā zonā uzliekot lokālu anestēzijas līdzekli, lai cistu sastindzinātu. Pēc tam ārsts atvērs cistu, notecina šķidrumu, iztīra abscesu un iesaiņo brūci. Parasti šāda veida ārstēšana efektīvi izārstē stāvokli, taču iepakojums ir bieži jāmaina, līdz brūce sadzīst.
Smagākajos gadījumos pilonidālās cistas ārstēšana var ietvert operāciju. Operācija parasti ir ieteicama pēc mazāk agresīvas ārstēšanas neveiksmes. Daudzos gadījumos, ja cista atkal parādās pēc tam, kad ārsts ir iztukšojis, iztīrījis un iesaiņojis brūci, operācija var būt nākamā labākā iespēja. Pilonidālās cistas operācija parasti notiek slimnīcā, nevis ārsta kabinetā. Vairumā gadījumu tā būs ambulatorā operācija. Ir divu veidu operācijas: atvērtas brūces ķirurģija un slēgtas brūces ķirurģija.
Ar atvērtas brūces operāciju brūce paliek atvērta pēc tam, kad ķirurgs ir iztīrījis abscesu. Šī operācijas forma var ietvert tehniku, ko sauc par marsuializāciju. Izmantojot šo paņēmienu, tiek veikts ķirurģisks iegriezums, pēc tam cista tiek nosusināta un notīrīta. Pēc tam ķirurgs, izmantojot brūces malas, izveido maisiņam līdzīgu atloku. Atvērtas brūces operācijas brūce nav jāiepako, taču var paiet viens līdz divi mēneši, lai pilnībā sadzītu.
Vēl viena operācijas forma ir slēgtas brūces operācija. Tas ietver cistas atvēršanu, iztukšošanu un tīrīšanu, līdzīgi kā citas ārstēšanas metodes. Atšķirībā no citām ārstēšanas metodēm, ķirurgs, kas veic slēgtas brūces operāciju, faktiski aizver brūces, izmantojot šuves. Parasti tā sadzīst ātrāk nekā citi operācijas veidi, taču pastāv arī lielāka iespējamība, ka cista galu galā atkal parādīsies pēc šāda veida operācijas.
Pēc jebkāda veida ārstēšanas ir svarīgi rūpēties par brūci, lai novērstu infekciju un recidīvu. Rezultātā pacientei ir jātīra un jāmazgā ap griezumu, ievērojot ārsta ieteikumu. Turklāt uz vietas nevajadzētu uzklāt krēmus, eļļas vai citas biezas ziedes. Ja iespējams, vislabāk ir arī sēdēt tikai īsu laiku.