Virtuālo realitāti katru dienu izmanto vairākās jomās, sākot no fizikālās terapijas līdz izklaidei. Lai arī cik priekšrocības, ko tehnoloģija kādu dienu varētu sasniegt, ir jāņem vērā arī virtuālās realitātes trūkumi. Daži aspekti, piemēram, izmantotā tehnoloģija, rada nopietnas problēmas izstrādātājiem un rada ierobežojumus plašas izmantošanas un izplatīšanas mēģinājumos. Citas problēmas ir saistītas ar virtuālās vides programmatūras ieviešanu un to, ko var un ko nevar sasniegt. Visbeidzot, pastāv bažas par sociālo ietekmi, ko ieskaujoša vide var atstāt uz cilvēkiem, kā arī par ilgstošas lietošanas psiholoģiskajām sekām.
Viens no lielākajiem virtuālās realitātes trūkumiem ir tas, ka tehnoloģija, kas nepieciešama ieskaujošai vai dabiskai pieredzei, joprojām ir nenotverama. Haptiskās sistēmas, kas nodrošina fizisku atgriezenisko saiti vai nodrošina pilnībā artikulētu klātbūtni vidē, ir neveiklas un var radīt problēmas lietošanas laikā. Aparatūras veids, kas tiek izmantots pat vienkāršiem uz galvas piestiprinātiem displejiem, var izjaukt iegremdēšanas sajūtu, jo ir jāveic ierīces pielāgojumi, un tādi komponenti kā vadi un austiņas kļūst par šķēršļiem dabiskai kustībai.
Pat visvienkāršākā virtuālās realitātes aparatūra un programmatūra izceļ vēl vienu virtuālās realitātes trūkumu, proti, izmaksas. Jebkurai sistēmai, kas mēģina nodrošināt ieskaujošu pieredzi, ir nepieciešams noteikta veida displejs, kas mēģinās apmānīt cilvēka maņas. Šīs sistēmas ir ļoti dārgas, un to lietošana var būt problemātiska, galvenokārt tāpēc, ka tik maz cilvēku ir tehniskās zināšanas, lai tās labotu vai uzturētu. Turklāt lielākā daļa virtuālās realitātes sistēmu nav viegli aizstājamas ar dažādu aparatūru, tādējādi palielinot izmaksas un samazinot sākotnējā ieguldījuma šādā sistēmā ilgtermiņa vērtību.
Sociālā ziņā daži no trūkumiem, kas saistīti ar virtuālās realitātes izmantošanu kā izklaidi, jau ir sākuši atklāties, pat ja nav pieredzes, kas pilnībā novērš cilvēku no apkārtējiem stimuliem. Viena problēma ir sociālā izolācija, kurā virtuālās realitātes lietotājs vairāk paļaujas uz mijiedarbību, kas notiek virtuālajā pasaulē, nevis uz pieredzi reālajā pasaulē. Šis patiesas, fiziskas mijiedarbības trūkums var radīt nepareizas asociācijas, kas neietilpst reālā sociālajā vidē. Izolācija galu galā var izraisīt depresiju, disociāciju un citus apstākļus, ja tā ir pietiekami smaga.
Vēl viens no iespējamiem virtuālās realitātes psiholoģiskajiem un sociālajiem trūkumiem ir desensibilizācija. Ja daži lietotāji izklaidei plaši izmantotu virtuālo realitāti, viņi riskētu neatpazīt patiesās sekas darbībām, kurās viņi piedalās vai skatās. Pārtulkojot uz reālo pasauli, ārkārtējos gadījumos tas var izraisīt izpratnes trūkumu par dažu darbību ietekmi, ja tās tiek veiktas ārpus virtuālās vides.