Zirnekļa dabisko dzīvotni parasti veido tā barības avoti un dabiskā vide. Klimats un zirnekļa biotopa saturs var ievērojami atšķirties atkarībā no zirnekļa sugas un ģeogrāfiskās atrašanās vietas. Tiek uzskatīts, ka zirnekļi apdzīvo gandrīz visas planētas ekosistēmas, izņemot arktiskās, liela augstuma un zemūdens ekosistēmas. Pasaulē daudzās zirnekļu sugas ir bijušas spiestas attīstīties un pielāgoties ļoti atšķirīgām dzīvotnēm, izraisot ļoti lielas uzvedības atšķirības atkarībā no sugas un kontinenta uz kontinentu. Lai gan zirnekļu biotopi var ļoti atšķirties, tie visi parasti piedāvā pastāvīgu barības avotu un pieļaujamas klimata atšķirības.
Dažas sugas, piemēram, dod priekšroku zirnekļu dzīvotnei, kas ļauj izveidot piltuvveida tīklu, nevis lielajam tīklam līdzīgajam tīklam, ko veido daudzas citas sugas. Tādi zirnekļi kā klaiņojošais zirneklis vai mājas mājas zirneklis parasti dod priekšroku piltuves tīklu veidošanai un tāpēc var meklēt dzīvotni, kur ir tumšas plaisas. Akmeņu krāvumi, akmens vai ķieģeļu sienas un apgabali ar smagu zemes segumu tiek uzskatīti par vietām, kur parasti var atrasties piltuves tīkla zirnekļi.
Daži zirnekļu veidi, piemēram, krabju zirneklis, vispār neveido tīklus, bet gan aktīvi medī savu upuri. Šīm sugām parasti ir nepieciešama zirnekļu dzīvotne, kas atrodas ārpus telpām un ir ļoti apdzīvota ar kukaiņiem. Dārzi, puķu dobes un atklātas pļavas var būt labvēlīgas dzīvotnes zirnekļiem, kuri aktīvi medī.
Tādi zirnekļi kā orbzirneklis ir pazīstami ar paaugstinātu, tīklam līdzīgu tīklu veidošanu. Šie zirnekļi parasti barojas ar lidojošiem kukaiņiem, un tiem ir nepieciešama dzīvotne, kas tos piedāvā pārpilnībā. Viņi var iekārtot savas mājas kokos un krūmos, zem māju dzegām vai pat dažkārt šajās mājvietās.
Zirnekļi kopumā ir pielāgojami gandrīz jebkurai dzīvotnei. Ja neliela zirnekļu populācija tiek iesprostota neviesmīlīgā vidē, kā tas dažkārt notiek, tiek uzskatīts, ka tie attīstīs jaunas pazīmes, kas galu galā var palīdzēt tiem attīstīties šajā dzīvotnē. Zirnekļi parasti nevar dzīvot ārkārtīgi aukstā klimatā, un nav zināmu zemūdens sugu. Labam zirnekļu biotopam vajadzētu nodrošināt zirnekļiem pastāvīgu upuru piegādi un klimatu, kas nesasniedz galēju aukstumu. Lielākajai daļai zirnekļu jāspēj pielāgoties jebkuram biotopam, kas ietver šīs lietas.