Patoloģisku vai bojātu audu zonas, ko sauc par bojājumiem, ir izplatīts iegūtā imūndeficīta sindroma (AIDS) simptoms. Ir vairāki dažādi AIDS bojājumu veidi, ko izraisa oportūnistiskas infekcijas un vēzis, kas uzbrūk slimniekam, jo AIDS vājina viņa imūnsistēmu. Visredzamākie AIDS bojājumu veidi ir uz ādas, taču tie var parādīties arī iekšējos orgānos, piemēram, smadzenēs un nierēs.
AIDS bojājumu cēlonis, kas vislabāk zināms lielākajai daļai sabiedrības, ir Kapoši sarkoma, ar Kapoši sarkomu saistītais herpesvīrusa izraisīts asins un limfas asinsvadu vēža veids. Lielāko daļu vīrusa pārnēsātāju tas neskar, taču cilvēkam ar novājinātu imūnsistēmu tas var radīt strauji izplatošus ļaundabīgus audzējus cietušā organismā. Parasti tas vispirms ir redzams kā izvirzīti, aptumšoti ādas bojājumi, ko izraisa asinsvadu veidošanās traucējumi, bet, progresējot, tas dažreiz izplatās mutē un ķermeņa iekšienē. Citas vīrusu infekcijas, ko parasti novēro AIDS slimniekiem un kas izraisa ādas bojājumus, ir olluscum contagiosum un mutes un dzimumorgānu herpes simplex vīruss.
Citi AIDS bojājumi parādās nervu sistēmā. Toksoplazmoze, ārkārtīgi izplatīta vienšūņu infekcija, kas ir nekaitīga lielākajai daļai cilvēku, bet ir ārkārtīgi bīstama cilvēkiem ar stipri novājinātu imūnsistēmu, var izraisīt smadzeņu un acu bojājumus cilvēkiem ar AIDS. Vēl viena infekcija, kas ir izplatīta un parasti nekaitīga vispārējā populācijā un ir bīstama AIDS pacientiem, ir progresējoša multifokāla leikoencefalopātija (PML). PML izraisa smadzeņu baltās vielas bojājumus, kas izraisa motora kontroles samazināšanos; redzes, runas un personības izmaiņas; un galu galā nāve bez ārstēšanas. Vēl viens izplatīts smadzeņu bojājumu cēlonis cilvēkiem ar AIDS ir audzēja veids, ko sauc par primāro centrālās nervu sistēmas limfomu, kas var izraisīt galvassāpes, krampjus un demenci.
Arī citās ķermeņa daļās var rasties bojājumi AIDS, ar to saistīto oportūnistisku slimību vai AIDS medikamentu blakusparādību dēļ. Progresējoša Kapoši sarkoma var izraisīt AIDS bojājumus kuņģa-zarnu traktā, plaušās vai limfmezglos. Ievērojama daļa AIDS slimnieku ir inficēti arī ar C hepatītu, kas izraisa aknu bojājumus un var izraisīt arī nelielus ādas bojājumus, parasti uz kājām. Pretretrovīrusu zāles, ko parasti lieto, lai palēninātu AIDS attīstību, var izraisīt arī aknu bojājumus, ja tās lieto lielos daudzumos vai ilgstoši. Dažiem AIDS slimniekiem attīstās ar HIV saistīta nefropātija — stāvoklis, kas izraisa nieru bojājumus un galu galā var izraisīt nieru mazspēju.