Veterinārmedicīnas pasaulē pamatvakcīnas ir vakcīnas, kuras ir ļoti ieteicamas un dažreiz pat nepieciešamas. Vakcīnu protokoli plašam dzīvnieku lokam, tostarp suņiem, kaķiem un zirgiem, parasti ir sadalīti pamatvakcīnas un blakusvakcīnas, lai praktizējošie veterinārārsti varētu nodrošināt, ka viņu pacienti saņem vajadzīgās vakcīnas. Dzīvnieku īpašniekiem ir lietderīgi konkrēti zināt, ka ieteicamā vakcīna ir pamatvakcīna, jo tādējādi tiks uzsvērts, cik svarīgi ir saņemt vakcīnu, kā arī papildu revakcinācijas.
Kaķiem un suņiem trakumsērga, iespējams, ir visizplatītākā pamatvakcīna, jo trakumsērga tiek uzskatīta par nopietnu risku. Kaķiem kaķu leikēmijas vīruss (FeLV) ir vēl viena izplatīta pamata vakcīna, īpaši kaķiem, kuri dodas ārā. Vakcīnu kalendāram var pievienot citas pamatvakcīnas atkarībā no dzīvnieka dzīvesvietas. Zirgiem tādas slimības kā miega slimība, Rietumnīlas vīruss un stingumkrampji parasti ir iekļautas galveno vakcīnu sarakstos.
Turpretī ir vienkārši ieteicamas vakcīnas, kas nav pamatvakcīnas, un tās var nebūt vajadzīgas visos gadījumos. Parasti veterinārārsti izmanto profesionālas asociācijas izdotās reģionālās vadlīnijas, lai izlemtu, kuras vakcīnas ievadīt, un viņi var apspriest ar saviem klientiem nenozīmīgās iespējas. Piemēram, ja dzīvnieks daudz iekāpj, ieteicams iegūt neparedzētu vakcīnu pret bordetellas, ko sauc arī par audzētavas klepu, bet, ja dzīvnieks uzturas telpās un nekad neiekāpj, bordetellas vakcīna nebūtu nepieciešama.
Daži pasaules reģioni īpaši pieprasa, lai dzīvnieki saņemtu noteiktas pamata vakcīnas. Visbiežāk nepieciešamā vakcīna ir trakumsērga, jo ir vēlme kontrolēt trakumsērgas sastopamību visā pasaulē. Valstīs, kur trakumsērgas nav, piemēram, Lielbritānijā, visiem dzīvniekiem, kas ieceļo valstī, ir jāiesniedz dokumenti, kas apliecina, ka viņi ir saņēmuši trakumsērgas vakcīnu un ir pārbaudīti, lai apstiprinātu antivielu klātbūtni. Apspriežot vakcinācijas iespējas, veterinārārsts parasti pārliecinās, ka īpašnieki zina, kuras galvenās vakcīnas ir nepieciešamas un kuras ir vienkārši ļoti ieteicamas.
Novērtējot, kuras pamatvakcīnas būtu jāiekļauj vakcīnu grafikā, ierēdņi parasti veic izmaksu un ieguvumu analīzi, lai noteiktu, vai ieguvums no vakcīnām pārsniedz vakcinācijas risku. Lai gan vakcinācijas kļūst arvien drošākas, tās rada zināmu risku veselībai, un šī analīze ir izstrādāta, lai to ņemtu vērā. Mājdzīvnieku īpašniekiem vienmēr pēc iespējas ātrāk jāziņo par vakcīnu blakusparādībām, gan statistikas apsvērumu dēļ, gan lai uzņēmumiem būtu laiks atsaukt vakcīnas, ja viņi konstatē, ka daudz kas ir apdraudēts.