Augstas efektivitātes makrodaļiņu gaisa (HEPA) filtra vakuums satur filtrēšanas sistēmu, kas konsekventi noņem vismazākās gaisā esošās daļiņas, neradot nekādus procesa blakusproduktus. Tirgū ir pieejami trīs veidu filtrēšanas putekļsūcēji: īstie vai aizzīmogotie HEPA putekļsūcēji, nehermetizēti HEPA putekļu sūcēji un HEPA līdzīgi putekļsūcēji. Sertificētam, patiesam vai hermētiskajam HEPA putekļsūcējam ir slēgta filtrēšanas sistēma, un to bieži ieteicams lietot tiem, kam ir elpošanas problēmas. Modeļiem, kas tiek tirgoti kā HEPA putekļu sūcēji, bet kuru filtrēšanas sistēma ir atvērta, ir autentisks HEPA filtrs, lai gan notvertās daļiņas var izplūst. Putekļsūcējiem, kas marķēti kā HEPA līdzīgi, var būt filtrs, kas līdzīgs HEPA, taču tas neatbilst prasībām, lai iegūtu īstu HEPA putekļu sūcēju.
Visiem īstajiem HEPA putekļsūcējiem ir jāuztver 99.7% līdz 99.9% gaisa daļiņu, kuru izmērs ir 0.3 mikroni; HEPA sertifikācija tiks norādīta uz vakuuma etiķetes. Eiropā HEPA sertificētais putekļu sūcējs tiek dēvēts par 13. vai 14. klases HEPA. Sertificēts, noslēgts HEPA putekļu sūcējs ir konstruēts tā, lai visam gaisam, kas nonāk vakuumā, pirms iziešanas no iekārtas ir jāiziet cauri filtrēšanas sistēmai. Visas gaisa daļiņas, ko uztver šāda veida putekļsūcēji, paliek putekļsūcēja iekšpusē, līdz filtrs tiek iztīrīts vai iztukšots. Tāpēc ārsti bieži iesaka slēgtus HEPA putekļu sūcējus pacientiem ar astmu, alerģijām un citiem elpceļu veselības traucējumiem.
Aizzīmogotos HEPA putekļsūcējos var izmantot vienu filtru vai vairākus filtrus. Lai vakuums darbotos pareizi, filtrs ir jāizņem vismaz reizi gadā. Dažus filtrus var mazgāt, bet citi ir vienreizlietojami. Atkārtoti lietojamie filtri sākotnēji ir dārgāki, taču tie var ietaupīt pircēja naudu ilgtermiņā.
Dažos putekļu sūcējos tiek izmantoti īsti, sertificēti HEPA filtri, taču tiem nav noslēgtas filtrēšanas sistēmas. Tas nozīmē, ka vakuums var uzņemt 99.7% līdz 99.9% gaisa daļiņu, kuru izmērs ir 0.3 mikroni, bet dažas no šīm daļiņām var nonākt atpakaļ vidē. Tas ir saistīts ar faktu, ka viss gaiss nav spiests iziet cauri filtram pirms izkļūšanas no vakuuma. Sistēma ir necaurlaidīga, un gaiss var izplūst no jebkādām plaisām, kad tas nonāk vakuumā.
Ir arī HEPA līdzīgi putekļsūcēji ar etiķetēm, kas apgalvo, ka uztver 85% vai 90% gaisa daļiņu, kuru izmērs ir 0.1 mikrons. Šie putekļsūcēji var izskatīties līdzīgi oriģinālam sertificētam HEPA putekļsūcējam, taču šo iekārtu filtri nav izturējuši tikpat stingras pārbaudes. 0.1 mikrona daļiņu izmērs, ko šie HEPA līdzīgie putekļsūcēji savāc, nav tik mazs, kā to var noņemt sertificēts, noslēgts HEPA putekļsūcējs. Tas nozīmē, ka patērētājs var nespēt no mājsaimniecības noņemt putekļu ērcītes un ziedputekšņus, tādējādi šī iekārta, iespējams, nav labākā izvēle cilvēkiem, kuriem ir alerģija vai citi līdzīgi apstākļi.