Homeopātijas vēsture meklējama 1779. gadā, kad doktors Semjuels Hānemans ieguva ārsta grādu un sāka eksperimentēt ar atšķaidītām vielām, lai izārstētu slimības. Šis vācu ārsts izstrādāja “līdzības likumu”, kas palika par pamatprincipu visā homeopātijas vēsturē. Lai ārstēšana būtu efektīva, tai ir jāizraisa pašas slimības simptomi, Hāhemans 50 gadus praktizējot homeopātiskās zāles, teorētiski izvirzīja.
Homeopātija attīstījās no tipiskām ārstēšanas metodēm, ko izmantoja 18. gadsimta beigās, kas bija izplatīta ar māņticību par to, kāpēc cilvēki saslimst. Laikā, kad ārsti izmantoja vemšanu, klizmas, asins nolaišanu un ārstniecības augus, lai atbrīvotu ķermeni no slimībām. Daudzi pacienti no šīs ārstēšanas pasliktinājās un nomira.
Dr. Hānemans sāka interesēties par homeopātijas vēsturi, tulkojot vācu valodā citu doktora disertāciju. Viņš eksperimentēja ar cinčonas mizas atšķaidījumiem, kas tajā laikā bija pieņemta malārijas ārstēšana. Pēc vairākām dienām Hānemanam parādījās sāpes un drudzis, ko uzskatīja par agrīnām malārijas brīdinājuma pazīmēm. Viņš secināja, ka zālēm ir jāizraisa slimības simptomi, pirms tās kļūst efektīvas. Daži ārsti nosodīja šīs teorijas, tostarp amerikāņu ārsts un autors Olivers Vendels Holmss.
Hānemana atklājumi noveda pie simtiem homeopātisko slimnīcu un skolu atvēršanas visā pasaulē. Homeopātija ieguva popularitāti, jo mazāk cilvēku nomira no šiem mazāk toksiskajiem līdzekļiem. Šajā homeopātijas vēsturē tradicionālie ārsti joprojām koncentrējās uz slimību izpēti un ārstēšanas iespējām.
20. gadsimta sākumā parādījās atklājumi par to, kā baktērijas veicina slimības. Interese par homeopātiju sāka mazināties, un skolas, kas māca šo medicīnas veidu, sāka slēgt. Homeopātijas lietošanas atdzimšana parādījās 1970. gados, kad cilvēki sāka interesēties par holistisku pieeju slimībām.
Mūsdienu homeopātiskās prakses izmanto vairāk nekā 3,000 līdzekļu dažādu slimību ārstēšanai. Homeopātija definē līdzekli kā noteiktas vielas lietošanu slimību ārstēšanai, kas atšķiras no tradicionālās zāļu lietošanas nozīmes slimību ārstēšanai. Vielas var iegūt no augiem, minerāliem, dzīvniekiem un sintētiskiem produktiem, kas ir ļoti atšķaidīti. Daži praktizētāji izraksta slimos ķermeņa šķidrumus, tostarp asinis, urīnu un fekālijas nelielās devās, ko sauc par nozodiem. Citas homeopātiskās ārstēšanas metodes izmanto savākto lietus ūdeni kā līdzekli.
Indijā homeopātijas vēsture aizsākās 1835. gadā, kad rumāņu ārsts Džons Martins Honigbergers tika izsaukts, lai ārstētu ietekmīgu maharadžu no pietūkušām pēdām un paralizētām balss saitēm. Maharadžs tika izārstēts un tik ļoti iespaidots, ka pasūtīja homeopātijas ārstēšanu zirgam, kuram bija kāju čūla. Dr Honigberger vēlāk kļuva pazīstams kā eksperts holēras ārstēšanā Indijā.