Kondilomas ārstēšana ietver lokālus medikamentus, sasalšanas temperatūru, elektrisko strāvu un oglekļa dioksīda lāzerus. Ārsti var izvēlēties arī ķirurģisku izņemšanu. Ārstēšanas gaita parasti ir atkarīga no pacienta veselības un imūnsistēmas stāvokļa, grūtniecības stāvokļa un iepriekšējo ārstēšanas metožu panākumiem. Veselības aprūpes sniedzēji parasti ārstē tikai pacientus ar redzamiem bojājumiem, cerot, ka noņemšana palīdzēs imūnsistēmai kavēt vīrusu šūnu replikāciju.
Sākotnējā ārstēšana parasti ir lokālas želejas, šķīduma vai ziedes uzklāšana uz bojājumiem. Dažas zāles jālieto vairākas reizes dienā, savukārt citas jālieto vienu reizi dienā noteiktu dienu skaitu nedēļā. Šie preparāti parasti ir kodīgi un paredzēti bojāto audu iznīcināšanai. Blakusparādības atšķiras atkarībā no zāļu veida un svārstās no vieglas līdz smagai. Daži lokāli līdzekļi var izraisīt dedzināšanu un niezi apkārtējā zonā, un citi preparāti var sāpīgi izraisīt ādas čūlas.
Ja lokāli lietojamie medikamenti nesniedz pietiekamus rezultātus un pacientei ir iestājusies grūtniecība, ārsti bieži ārstē kondilomu ar krioterapiju. Šāda veida kondilomas ārstēšana parasti ir veiksmīga mazākiem bojājumiem. Katram bojājumam tiek pielietota kriozonde, kas satur šķidro slāpekli. Ātrā sasaldēšana un sekojošā atkausēšana pārrauj šūnu sienas un rada plašus šūnu bojājumus. Pēc ārstēšanas iekaisums var veicināt arī šūnu iznīcināšanas procesu.
Elektrodesikācija jeb elektroķirurģija ir process, kurā elektriskā strāva tiek izvadīta caur adatu vai nelielu cilpu. Bipolārā adatas metode nodrošina augstas frekvences radīto siltumu, lai precīzi noteiktu vietas. Bipolāra cilpa sadedzina un sagriež audus, vienlaikus apturot asiņošanu. Šo kondilomas ārstēšanas veidu bieži izmanto, lai noņemtu lielākas dzimumorgānu kondilomas. To var veikt ambulatorā veidā ar vietējo anestēziju.
Oglekļa dioksīda lāzerterapiju var veikt, izmantojot vietējo vai vispārējo anestēziju. Kondilomas ārstēšana šādā veidā parasti iznīcina bojājumus, vienlaikus saudzējot apkārtējo veselīgu ādu. Pacienti, kuri cieš no rezistentiem vai plašiem bojājumiem, bieži gūst labumu no šāda veida kondilomas ārstēšanas. Ziņojumos teikts, ka pat puse pacientu, kuri saņem lāzerterapiju, trīs gadu laikā pilnībā atbrīvojas no bojājumiem.
Kondilomas bojājumu ķirurģiska noņemšana ietver audu izgriešanu no ķermeņa, izmantojot skalpeli, un to var veikt vietējā vai vispārējā anestēzijā. Šī kondilomas ārstēšanas metode parasti ir paredzēta plašiem vai izturīgiem slimības procesiem, un pēc bojājumu noņemšanas var būt nepieciešamas šuves. Pētījumi liecina, ka līdz pat 72% pacientu, kam tiek veikta ķirurģiska izņemšana, viena gada laikā kļūst brīvi no bojājumiem.