Visbiežākās izoniazīda blakusparādības ir reibonis, bezmiegs un kuņģa darbības traucējumi, lai gan var rasties arī nopietnākas blakusparādības. Šī antibiotika var izraisīt arī nervu iekaisumu, krampjus un apgrūtinātu urinēšanu. Paaugstināts cukura līmenis asinīs, patoloģiski asins analīžu rezultāti un psihoze ir viena no iespējamām izoniazīda blakusparādībām, un tās var būt izteiktākas, ja šīs zāles tiek kombinētas ar dažām citām zālēm. Dažiem cilvēkiem, kuri lieto šo antibiotiku, ziņots par dzīvībai bīstamiem aknu bojājumiem. Par visām jaunām vai apgrūtinošām izoniazīda blakusparādībām jāziņo ārstam turpmākai medicīniskai izvērtēšanai.
Gremošanas problēmas ir vienas no visbiežāk ziņotajām izoniazīda blakusparādībām, un tās var ietvert sliktu dūšu, vemšanu vai grēmas. Ir dokumentēti arī vēdera krampji, aizcietējums un caureja. Pastāvīga vemšana vai caureja, īpaši, ja ir asinis, ir jānovērtē medicīnas speciālistam, lai izslēgtu kuņģa vai zarnu bojājumus. Smagām sāpēm vēderā, ko pavada drudzis, vajadzētu nekavējoties apmeklēt ārstu vai tuvākās slimnīcas neatliekamās palīdzības nodaļu.
Asins traucējumi var attīstīties kā izoniazīda blakusparādības un bieži vien izzūd pēc zāļu lietošanas pārtraukšanas. Paaugstināts cukura līmenis asinīs un pazemināts B6 vitamīna līmenis ir visizplatītākās ar asinīm saistītas problēmas, kas saistītas ar šo zāļu lietošanu. Sievietes var pamanīt menstruālā cikla traucējumus un nedrīkst lietot šīs zāles, ja ir grūtniecība vai baro bērnu ar krūti. Pacienti ar cukura diabētu vai citām slimībām, kas ietekmē asinis, iespējams, nevarēs droši lietot izoniazīdu.
Par garīgām izmaiņām un garastāvokļa svārstībām nekavējoties jāziņo ārstam, jo šīm izoniazīda blakusparādībām gandrīz vienmēr nepieciešama ārstēšana ar citu antibiotiku. Apjukums, aizkaitināmība un psihoze, ko izraisa šīs zāles, var izraisīt destruktīvu uzvedību un bieži vien nepieciešama neatliekamā medicīniskā palīdzība. Ja pacients, kurš lieto izoniazīdu, kļūst kaujiniecisks vai viņam ir sevis savainošanās pazīmes, jāsazinās ar neatliekamo medicīnisko palīdzību, lai saņemtu palīdzību nogādāšanai tuvākajā slimnīcā.
Šīs zāles var izraisīt smagus aknu bojājumus, un šis risks palielinās, ilgstoši lietojot. Dzeltei ir raksturīga dzeltena nokrāsa, kas ietekmē ādu vai acu balto daļu un bieži norāda uz to, ka aknas nespēj pareizi darboties. Šis bojājums var būt nāvējošs, un dažreiz ir nepieciešama aknu transplantācija, lai glābtu pacienta dzīvību. Tiem, kuriem jau ir traucēta nieru darbība, lietojot šīs zāles, var rasties pilnīga nieru mazspēja. Var būt nepieciešama dialīze vai transplantācija, ja zāļu lietošana netiek pārtraukta, pirms attīstās neatgriezenisks nieru bojājums.