Skābekļa terapijas blakusparādības ir nelielas un reti sastopamas, taču tās var ietvert ausu sāpes, bungādiņas plīsumu un deguna blakusdobumu traumas. Sāpes ausīs vai diskomforts ir visizplatītākā blakusparādība, kas rodas, organismam cenšoties pielāgoties terapijai. Bungplēvītes plīsums ir ievērojami retāk sastopams, taču tas, visticamāk, notiek cilvēkiem, kuri ir nedzirdīgi vai vājdzirdīgi. Barotrauma deguna blakusdobumos ir īpaši reta un notiek tādu iemeslu dēļ, kas ir līdzīgi bungādiņa plīsumam. Kopumā skābekļa terapija ir droša ārstēšana ar minimālām blakusparādībām, ja cilvēkam nav veselības stāvokļa, ko tā varētu pasliktināt, lai gan terapijas aprīkojums var būt bīstams.
Ausu sāpes ir viena no visbiežāk sastopamajām skābekļa terapijas blakusparādībām. Sāpes rodas, ķermenim cenšoties izlīdzināt spiedienu starp ausīm. Dažos gadījumos iekšējā auss ir fiziski bojāta spiediena virs normas dēļ. Daži cilvēki izjūt vieglu diskomfortu, nevis sāpes, taču diskomforts joprojām ir jāņem vērā, jo tas var liecināt par komplikāciju.
Nedzirdīgiem un vājdzirdīgiem cilvēkiem ir lielāka iespēja saskarties ar noteikta veida ausu problēmām kā skābekļa terapijas blakusparādībām. Piemēram, dažiem cilvēkiem rodas bungādiņas plīsums. Ausu bungādiņu plīsumi var izraisīt turpmāku dzirdes zudumu un var ilgt mēnesi, lai dziedinātu. Dažos gadījumos, ja bungādiņa nespēj izārstēt pati, ārsts var uzlikt tam plāksteri kā ambulatoro procedūru.
Dažreiz cilvēks piedzīvo barotraumu viņa vai viņas deguna blakusdobumos. Barotrauma ir fiziska brūce, kas rodas cilvēka ķermenī gaisa spiediena atšķirības dēļ. Piemēram, dažiem zemūdens nirējiem draud barotrauma risks, kad viņi ienirst pārāk dziļi vai pārāk ātri uz virsmas. Lai gan dažu darbību, piemēram, niršanas, barotrauma dažkārt var būt letāla, skābekļa terapijas gadījumā tas tā nav.
Dažus veselības stāvokļus var pasliktināt skābekļa terapija. Piemēram, sirdslēkmes pacienti un cilvēki, kas cieš no astmas, var nereaģēt uz ārstēšanu pozitīvi. Tomēr skābekļa terapija joprojām tiek pētīta, un tā var negatīvi ietekmēt daudzus citus apstākļus.
Skābekļa terapija rada ugunsgrēka risku, jo tai nepieciešama koncentrēta skābekļa padeve. Ja saspiestais skābeklis tiek pakļauts dzirkstelēm, tas var eksplodēt un aizdegties apkārtējā vidē. Šo risku var novērst, ja iedarbināšanas elementi tiek turēti prom no koncentrētā skābekļa. Skābeklis neeksplodē pats no sevis, un tā nepastāvību var pārvaldīt uzmanīgi.