Fluorescējošais mikroskops ir ierīce, ko izmanto, lai pārbaudītu parauga izstarotās fluorescences daudzumu un veidu. Atšķirībā no parastā mikroskopa, fluorescējošais mikroskops rada lasāmus attēlus, izmantojot apstarošanu un filtrēšanu, nevis tradicionālo atstarošanu. Šāda veida mikroskops ir būtisks instruments šūnu un ģenētiskajā izpētē, tostarp mikrobu trīsdimensiju attēlu veidošanā.
Fluorescence ir parādība, kas rodas, kad materiāls kļūst satraukts vai aktīvāks, pakļaujoties starojumam. Materiālam sākot nomierināties, satraukuma radītā enerģija tiek izstarota kā gaisma. Dažās vielās fluorescence ir dabiski sastopama īpašība, kas nozīmē, ka nav nepieciešama ārēja apstarošana, lai izraisītu gaismas emisiju. Citas vielas nav dabiski fluorescējošas, bet var kļūt par tādām, ja tās ierosina pareizais gaismas viļņa garums. Fluorescējošais mikroskops ir galvenais līdzeklis šādu materiālu aizraušanai un novērošanai.
Fluorescējošā mikroskopā paraugu var trāpīt ar īpaši atlasītu gaismu, lai radītu fluorescenci. Izmantojot filtru, mikroskops ļauj sasniegt paraugu tikai izvēlētajam viļņa garumam, lai nodrošinātu vislabāko reakciju. Fluorescences radīšanai izmantotais gaismas avots var atšķirties atkarībā no fluorescējošā mikroskopa un parauga veida. Viens no visizplatītākajiem dienasgaismas mikroskopijā izmantotajiem gaismas avotiem ir dzīvsudraba tvaika lampa, kas rada ārkārtīgi spilgtu gaismu. Vēl viens bieži izmantots gaismas veids ir ksenona loka lampa, kas rada dienasgaismai līdzīgu gaismu. Dažās situācijās tā vietā var izmantot lāzerus, nevis tradicionālās gaismas.
Kad paraugs ir ierosināts, ir nepieciešams otrs filtrs, lai bloķētu sākotnējo gaismas viļņa garumu. Šis filtrs, kas pazīstams kā staru sadalītājs, atstaro gaismu ar zemāku viļņa garumu nekā parauga ierosināšanai izmantotais filtrs. Tas nozīmē, ka mikroskopā izveidotais attēls netiks piesārņots ar sākotnējo gaismas avotu, jo lielāka viļņa garuma gaisma izies caur staru sadalītāju. Tādējādi izveidotais galīgais attēls atspoguļos tikai paša parauga dienasgaismas gaismu.
Fluorescējošajam mikroskopam ir daudz dažādu pielietojumu visā zinātnes pasaulē. Visbiežāk to izmanto šūnu un mikroorganismu pētījumos, jo ar augstu precizitātes un skaidrības pakāpi var precīzi noteikt konkrētas detaļas sīkos paraugos. Medicīnas un bioloģijas pētnieki bieži izmanto fluorescējošu mikroskopiju, lai pētītu DNS un RNS, uzzinātu par šūnu uzvedību un struktūras detaļām un pētītu antivielas, lai labāk izprastu slimības.