Misisipi štata karoga vēsture ietver štata atdalīšanos no Savienības, rekonstrukciju un balsojumu 21. gadsimtā par vecā dizaina maiņu. Misisipi karoga nebija reģistrēts līdz brīdim, kad tā 1861. gadā atdalījās no Savienības un izveidoja tādu, lai pārstāvētu jauno suverēnu Misisipi valsti. 1894. gadā štata likumdevējs nolēma izveidot jaunu karogu, lai tas sakristu ar štata vietu atkalapvienotajā valstī. Šis karogs bija kalpojis kā oficiālais Misisipi štata karogs 107 gadus, kad notika balsojums par to, vai mainīt tradicionālo dizainu.
Misisipi iedzīvotāju lēmums atdalīties no Savienības izraisīja nepieciešamību pēc Misisipi štata karoga. Viņi sākotnēji pieņēma Bonijas zilo karogu, ko izmantoja bijusī Floridas Republika. Šis karogs bija vienkārši zils fons ar baltu zvaigzni vidū un bija oficiālais karogs tikai pāris nedēļas. Likumdevējs to ātri mainīja, pārvietojot zilo kvadrātu un balto zvaigzni uz balta fona stūri, pievienojot magnolijas koku vidū un sarkanu joslu sānos.
Kad štati tika atkalapvienoti pilsoņu kara beigās, Misisipi izveidoja jaunu karogu ar konfederācijas kaujas karogu stūrī un sarkanu, baltu un zilu svītru, kas šķērsoja to. Šis karogs nosūtīja jauktu ziņojumu par tā izcelsmi. Piemēram, Konfederācijas kaujas karogs lielākajai daļai cilvēku izskatījās kā simbols Misisipi dalībai Konfederācijā, taču karoga oficiālajā aprakstā tas tiek dēvēts par Savienības laukumu. Ir 13 zvaigznes, kas piepilda krustu, kas varētu simbolizēt vai nu 13 sākotnējās kolonijas, vai 13 štatus, kas bija daļa no konfederācijas.
Šāda veida neskaidrības Misisipi štata karoga nozīmē lika dažiem cilvēkiem apšaubīt tā derīgumu 20. gadsimtā. 2001. gadā gubernators Musgrovs parakstīja likumprojektu, kas ļāva Misisipi iedzīvotājiem balsot par vecā karoga saglabāšanu vai nomaiņu uz jaunu dizainu, kas radītu mazāk strīdu. Jaunajā dizainā bija tādas pašas sarkanas, baltas un zilas svītras, bet stūra kvadrāts tika mainīts uz zilu fonu ar 19 mazām zvaigznēm un vienu lielu zvaigzni, kas attēloja Misisipi un 19 citus štatus, kas 1817. gadā bija Savienības daļa. pārliecinošs vairākums nobalsoja par to, lai Misisipi štata karogs paliktu tāds, kāds tas bija vairāk nekā 100 gadus.