Ir daudz sugu, kas ir endēmiskas Indonēzijai, kas ir tropu bioloģiskās daudzveidības karstā vieta. Indonēzija ir plašs reģions un valsts uz ziemeļiem no Austrālijas un uz dienvidaustrumiem no Dienvidaustrumāzijas. Tas sastāv no 17,508 800,000 salām, kas sakārtotas arhipelāgos, no kurām lielākās ir Jaungvineja, Borneo, Sumatra, Sulavesi, Floresa un Timora. Jaungvineja, Borneo un Sumatra ir attiecīgi otrā, trešā un sestā lielākā sala pasaulē, kopā aptverot vairāk nekā XNUMX XNUMX kvadrātjūdzes. Indonēzijas daudzo salu izolācija veicina to bioloģisko daudzveidību, katrā salā dažādojot dažādas sugas un izolētas no kontinentālajiem plēsējiem.
Indonēzijā ir divas galvenās zooģeogrāfiskās zonas: Sundaland rietumos un Wallacea austrumos. Tos dala Wallace Line, iedomāta līnija, kas stiepjas starp Borneo un Sulavesi. Uz rietumiem no līnijas sastopamas galvenokārt ar Āziju saistītas sugas, austrumos – Austrālijas sugas. Kopumā aptuveni puse Indonēzijas ir neapdzīvota, un to lielākoties aizņem lietus meži.
Sundalandē ir 381 vietējā zīdītāju suga, no kurām 173 ir endēmiskas. Iepriekšējos ledus laikmetos jūras līmenis šajā apgabalā bija pietiekami zems, lai dzīvnieki varētu ceļot no Āzijas kontinentālās daļas uz salām. Tādējādi šeit var atrast tīģeri, degunradžus, ziloņus un leopardus. Slavenākās Indonēzijas endēmiskās sugas, orangutāni, ir sastopamas Borneo un Sumatrā, kur tās veido divas atsevišķas sugas. Šie oranžie pērtiķi ir ļoti inteliģenti rīku lietotāji, taču tos apdraud cilvēka darbība un biotopu iznīcināšana. Skaistais Sumatras tīģeris, mazākā tīģeru suga, var atrast jonu plankumus virs salas, kur tajā ir tikai 500 īpatņu.
Divas citas sugas, kas ir endēmiskas Indonēzijai, ir Sumatras un Javas degunradzis, divas no retākajām un visvairāk apdraudētajām lielo zīdītāju sugām pasaulē. Tie jau sen ir medīti to ragu dēļ, kuriem ir vērtība ķīniešu medicīnā. Ir tikai aptuveni 300 Sumatras degunradžu un tikai 60 Javanas degunradžu. Lai nodrošinātu, ka šīs sugas atjauno savas populācijas, būs jāveic ievērojami saglabāšanas pasākumi. Process varētu ilgt gadsimtus.
Citas Indonēzijai endēmiskas sugas ir sastopamas Volasijā, reģionā uz austrumiem no Volesas līnijas. Wallacea ir 126 endēmiskas sugas, tostarp septiņas makaka pērtiķu sugas, piecas tarsjē sugas, anoa, reta bifeļu apakšģints, un babirusa, cūkai līdzīgs dzīvnieks ar diviem izliektiem ragiem. Jaungvinejas salā ir sastopamas Indonēzijai endēmiskas sugas, piemēram, dīvainais Gudfellova ķengurs, daudzas grauzēju sugas, no kurām dažas ir pēdas garas, skaistais Papuas ragsillais un slavenais Komodo pūķis, lielākā dzīvā ķirzaka. Tā kā vienīgie vietējie placentas zīdītāji ir sikspārņi un peles, citas sugas, piemēram, Komodo pūķis, ir pārņēmušas nišas, kuras citādi būtu pārņēmušas lielas placentas.