Ar molekulāro pārtiku parasti saprot jebkāda veida dabīgu pārtiku, kas ir izaudzēta no sēklām, kurām veikta apzināta molekulārās inženierijas process. Bieži vien sēklas tiek mainītas tā, ka iegūtais augs būs mazāk uzņēmīgs pret vairākiem faktoriem, kas varētu kaitēt ražai. Molekulāro pārtiku var arī mainīt, lai palielinātu konkrētā produkta garšu vai vienkārši lai nodrošinātu veselīgu ražu ar augstu ražu.
Lielākā daļa procedūru, ko izmanto, lai mainītu pārtiku, ir saistītas ar auga izturīgumu. Izstrādāta pārtika būs izturīgāka pret nelabvēlīgiem laikapstākļiem, piemēram, sausumu vai pārmērīgu saules iedarbību. Molekulārā pārtika var arī izturēt pelējumu, puvi un citas augu slimības, kas var izraisīt ražas neveiksmi. Ir pat izmainītas pārtikas piemēri, kas ir īpaši izstrādāti, lai izturētu dažādu kukaiņu invāziju.
Ir arī piemēri molekulāriem pārtikas produktiem, kas ir piesātināti ar spēcīgāku garšu vai aromātu nekā līdzīgām šķirnēm. Uzlabotā garša un smarža bieži ir vēlama lietošanai kopā ar saldētiem vai konservētiem dārzeņiem, jo pēc gatavošanas tiem ir tendence saglabāt vairāk garšas. Molekulārie pārtikas produkti var būt arī izstrādāti, lai gatavošanas laikā saglabātu vairāk krāsas. Šādā gadījumā ēdiena noformējums būs ne tikai garšīgs, bet arī patīkams.
Dažos ceturkšņos termins molekulārā pārtika ir lietots, lai apzīmētu ēdiena pagatavošanas metodi, nevis pašu pārtiku. Piemēram, ja tiek izmantota alternatīva tradicionālajām gatavošanas metodēm, piemēram, gatavošanas saplūšana, iegūtos ēdienus var saprast kā molekulāru pārtiku. Tomēr lielākā daļa kulinārijas ekspertu mēdz domāt par molekulāro pārtiku kā ģenētiski mainītu pārtiku, nevis pārtiku, kas pagatavota netradicionālā veidā.