Bārdaini pūķi ir izturīgi radījumi, kas var dzīvot 10 gadus vai ilgāk, taču tie ir uzņēmīgi pret slimībām un slimībām. Biežas bārdainu pūķu slimības ir vielmaiņas kaulu slimības, stomatīts, elpceļu infekcija, ērces un astes puve. Adenovīruss un trieciens arī ir izplatītas bārdainu pūķu slimības. Bārdaini pūķi ir arī uzņēmīgi pret noteiktām baktēriju un sēnīšu slimībām, kas saistītas ar siltu, mitru vidi. Vairumā gadījumu daudzas no izplatītajām bārdaino pūķu slimībām ir novēršamas un ārstējamas.
Metabolisko kaulu slimību, kas ir viena no visbiežāk sastopamajām bārdaino pūķu slimībām, izraisa D3 vitamīna, kalcija un fosfora deficīts vai nelīdzsvarotība. Kalcija trūkums pūķa ķermenī var būt nepietiekamas ultravioletās (UV) gaismas iedarbības vai tādu pārtikas produktu patēriņa dēļ, kas satur daudz fosfora un oksalātu. Dzīvnieka ķermenis centīsies kompensēt kalcija trūkumu, izsūcot to no kauliem. Pēc tam kauli kļūst vāji un trausli, kā rezultātā rodas lūzumi. Metaboliskas kaulu slimības simptomi ir apakšējā žokļa mīkstināšana un izciļņi gar kājām, asti un muguru.
Stomatīts, kas pazīstams arī kā mutes puve, ir infekcija, ko parasti izraisa nepareizs uzturs un parazītu klātbūtne. Tās simptomi ir apetītes zudums un bālgana viela, kas pārklāj mutes mīkstos audus. Ja stāvoklis netiek ārstēts, tas var izraisīt smaganu asiņošanu un zobu zudumu.
Elpceļu infekciju raksturo sēkšana, apetītes trūkums, apgrūtināta elpošana, rīkles pietūkums un gļotu izdalīšanās degunā un mutē. Elpceļu infekcijas bieži rodas mājdzīvnieku bārdainiem pūķiem, kuri tiek turēti sliktos būra apstākļos. Ilgstoša zemas temperatūras un augsta mitruma iedarbība var izraisīt arī elpceļu infekciju.
Ir iekšējie parazīti, kas dzīvo ķermeņa iekšienē, un ārējie parazīti, kas dzīvo uz ķermeņa, un abi veidi var izpostīt bārdainā pūķa veselību. Parazītu klātbūtne var liecināt par nepareizu uzturu. Iekšējie parazīti var izvadīt organismu no barības vielām, izraisot svara zudumu, caureju un apetītes trūkumu. Ārējie parazīti, piemēram, ērces un ērces, var pārnēsāt slimības un vājināt imūnsistēmu. Tie var izraisīt arī niezi un ādas kairinājumu.
Bārdaini pūķi var ciest no sasitumiem, ja tie patērē nesagremojamu pārtiku vai materiālu un gremošanas trakts tiek bloķēts. Stāvoklis ir līdzīgs aizcietējumiem, tikai sliktāk. Smagos gadījumos tas var izrādīties letāls, ja materiāla noņemšanai netiek veikta operācija.
Adenovīruss ir vīrusu izraisīts gremošanas trakta iekaisums. Tās simptomi parasti ir neskaidri, bet bārdains pūķis ar adenovīrusu parasti uzrāda apetītes zudumu. Bārdainos pūķus, kuru vecums ir viens līdz trīs mēneši, visticamāk, tas skars.
Lai gan dzeltenās sēnītes mehānika joprojām ir neskaidra, tiek uzskatīts, ka stāvokli izraisa rauga infekcija, kas attīstās pēc tam, kad bārdains pūķis ir ārstēts ar antibiotikām. Slimību raksturo dzelteni sēnīšu plankumi uz ādas. Dzeltenā sēne ir letāla, ja tā netiek ārstēta.
Astes puvi raksturo astes tumšums, apetītes trūkums un letarģija. Parasti to izraisa astes traumas. Astes puve var rasties arī tad, ja āda nenokrīt, jo āda var uzkrāties un ierobežot asins plūsmu. Dzīvnieka īpašnieks var novērst šo stāvokli, vienkārši noņemot nojumes ādu un visus priekšmetus, kas var izraisīt potenciālus ievainojumus.