Elektroniskajiem medicīniskajiem dokumentiem ir gan priekšrocības, gan trūkumi, lai gan daudzi apgalvo, ka pozitīvie aspekti atsver negatīvos. Lai gan ieguldījumi šāda veida sistēmās sākotnēji ir dārgi, lielākā daļa apgalvo, ka laika gaitā šīs izmaksas radīs lielākus ietaupījumus gan medicīnas speciālistiem, gan veselības apdrošināšanas sabiedrībām. Paiet arī daudz laika, lai papīra ierakstus pārvērstu elektroniskajos, taču šos ierakstus ir daudz vieglāk izsekot un meklēt, kad tas ir pabeigts. Tomēr ikvienam, kas izmanto šos ierakstus, ir jāizmanto saderīgas sistēmas, pretējā gadījumā nekādu informāciju nevar kopīgot.
Medicīnisko dokumentu glabāšana elektroniskā formā var ievērojami ietaupīt vietu. Tā vietā, lai pacientiem glabātu milzīgus papīra failus, visi ieraksti ir digitāli un tiek glabāti cietajos diskos un/vai ārējos datu centros. Tā ir neliela daļa no vietas, kas nepieciešama fizisko ierakstu glabāšanai. Turklāt, lai gan tie nepadara biroju pilnīgi bez papīra, elektroniskie ieraksti samazina papīra daudzumu, kas nepieciešams medicīnas birojiem, slimnīcām un apdrošināšanas sabiedrībām.
Vēl viena elektronisko medicīnisko ierakstu priekšrocība ir iespēja visiem veselības aprūpes komandas locekļiem koordinēt pacientu aprūpi. Tas palīdz izvairīties no nevajadzīgām atkārtotām pārbaudēm, novērš tādu zāļu izrakstīšanu, kurām var būt slikta mijiedarbība, un ļauj ikvienam medicīnas komandas loceklim izprast pieejas, kas tiek izmantotas stāvokļa ārstēšanai. Cilvēks ar sarežģītām veselības problēmām var vērsties pie vairākiem speciālistiem un var viegli apjukt, sniedzot pārklāšanās vai pretēju padomu. Ja speciālisti un primārās aprūpes ārsti izmanto vienu un to pašu sistēmu, tad visiem komandas locekļiem ir jābūt informētiem par visu pārējo komandas locekļu rīcību un ieteikumiem.
Elektroniskie ieraksti var arī ietaupīt laiku. Lai gan pagātnē ierakstus varēja nosūtīt pa faksu vai e-pastu, daudzos gadījumos parasti bija jāgaida. Ja medicīnas darbiniekam ir tūlītēja piekļuve visai pacienta informācijai, tostarp tādai informācijai kā rentgenstari, laboratorijas testi un informācija par receptēm vai alerģijām, viņš vai viņa ir tiesīgs rīkoties nekavējoties. Tas var būt īpaši noderīgi ārkārtas situācijās, kad pacients ārkārtējas slimības vai traumas dēļ nevar atbildēt uz jautājumiem par savu slimības vēsturi.
Daudziem veselības aprūpes speciālistiem var būt grūti salasāms rokraksts, un, lai gan tas ir vispārinājums, neskaidra rakstīšana var radīt kļūdas. Ierakstītā informācija, visticamāk, neradīs neskaidrības. Tomēr elektroniskie medicīniskie ieraksti neizslēdz gadījuma rakstura kļūdas, kurām var būt arī nopietnas sekas. Protams, kādam ir arī jāievada visa pacienta vecā informācija sistēmā, kas var aizņemt ievērojamu laiku un ierakstiem var pievienot vairāk kļūdu. Lai pārskatītu šos datus, ārstam var būt nepieciešams papildu laiks no sava aizņemtā grafika.
Faktiski viena no bažām par elektronisko medicīnisko ierakstu izmantošanu ir tāda, ka medicīnas speciālistiem var būt ievērojama mācīšanās līkne, kad šīs programmas tiek izmantotas pirmo reizi. Sliktam mašīnrakstītājam var būt nepieciešams ilgs laiks, lai ievadītu jaunu informāciju. Ārstiem bieži ir jābūt saviem medicīnas darbiniekiem, it īpaši biroja apmeklējuma laikā, un tas, kurš ir apjucis mulsinošu tehnoloģiju dēļ, var nebūt tik modrs attiecībā uz pacienta simptomiem vai vajadzībām.
Lielākajā daļā vietu nav viena avota vai sistēmas elektroniskajiem medicīniskajiem ierakstiem, tāpēc dažādas slimnīcas un atsevišķi ārsti neizmanto vienu un to pašu programmu. Tas izdzēš tūlītējās informācijas priekšrocības visiem medicīnas komandas darbiniekiem, jo viena programma var nesaskanēt ar citu.
Daži pacienti pauž bažas, ka digitālos ierakstus var uzlauzt un izmantot citi. Tā kā viens no pirmajiem medicīniskās aprūpes apsvērumiem ir konfidencialitāte, tas var palikt jautājums par to, cik cilvēku varētu piekļūt visiem personas medicīniskajiem ierakstiem. Privātas medicīniskās informācijas ļaunprātīga izmantošana var radīt problēmas tiem, kuriem ir apstākļi, kurus viņi vēlas paturēt privāti.
Neskatoties uz šīm bažām, daudzi medicīnas speciālisti un slimnīcas tagad mēģina pārvērst savus ierakstus elektroniskā formā. Tomēr joprojām nav skaidrs, cik ilgs laiks būs nepieciešams, lai atjauninātu vecos failus ar ilgu slimības vēsturi. Nav arī skaidrs, kad un vai dažādām sistēmām būs iespējams sazināties savā starpā.