Strukturālais deficīts ir valsts budžeta deficīts, kas nav atkarīgs no biznesa cikla — tas saglabājas pat tad, ja ekonomika ir pilnībā izmantojusi savu potenciālu. Tas tiek izveidots, kad valdība tērē vairāk, nekā ilgtermiņa vidējie nodokļu ieņēmumi spēj dot. Budžeta komponentu, kas ir atkarīgs no biznesa cikla bēgumiem un plūsmām, sauc par ciklisko deficītu. Ekonomisti parasti uzskata, ka strukturālais deficīts ir daudz nopietnāks nekā cikliskais deficīts, jo tas nozīmē neilgtspējīgus izdevumus.
Deficīts rodas, ja valdības nodokļu ieņēmumi pilnībā nesedz tās izdevumus. Lejupslīdes laikā deficīta cikliskā sastāvdaļa parasti palielinās vairāku iemeslu dēļ. Pirmkārt, lejupslīde nozīmē, ka valsts tīrie ienākumi ir samazinājušies zem potenciālā, tādējādi ar nodokli apliekamā ienākuma summa būs mazāka par vidējo. Otrkārt, valdības mēdz samazināt nodokļu likmes lejupslīdes laikā, lai stimulētu ekonomiku. Treškārt, izdevumiem sociālajām programmām, piemēram, labklājībai, Medicaid un pārtikas taloniem, arī ir tendence pieaugt lejupslīdes laikā.
Keinsiskā ekonomika, ietekmīga ekonomikas teorija, atbalsta cikliskā deficīta uzņemšanos, ja tas varētu paātrināt atveseļošanos no lejupslīdes. Tomēr liela strukturālā deficīta uzņemšanās parasti netiek uzskatīta par vēlamu stratēģiju, jo tā saglabājas pat tad, ja ekonomikā ir pilna nodarbinātība. Pilna nodarbinātība reālā valstī faktiski nekad netiek sasniegta, taču tā var būt noderīga ekonomikas modelī, lai parādītu iedzīvotāju ienākumu gūšanas potenciāla augšējo robežu.
Investīcijas ir viens no attaisnojumiem strukturālā deficīta segšanai. Valstis iegulda savā nākotnē līdzīgi kā cilvēki. Ja tiek uzskatīts, ka ieguldījuma atmaksāšanās ir vērtīga, lai uzņemtos nepieciešamo parāda apjomu, tad valdības aizņemas naudu un uzņemas strukturālo deficītu. Izplatīts piemērs tam ir investīcijas infrastruktūrā, piemēram, ceļos un dzelzceļos. Lai gan šie projekti ir dārgi, tie rada darba vietas un tos var izmantot daudzus gadus.
Piemēram, Amerikas Savienoto Valstu (ASV) strukturālais deficīts pēdējo desmitgažu laikā ir ievērojami palielinājies un ir pretrunīgs jautājums ASV politikā. Politiķi reti vienojas par to, vai konkrētai iniciatīvai ir vai nav vērts uzņemties ilgtermiņa parādus. No vienas puses, noteiktas investīcijas turpmākajos gados var palielināt drošību un labklājību. No otras puses, nākamie nodokļu maksātāji saskarsies ar parādiem un procentiem, kas radušies strukturālā deficīta dēļ. Lai gan dažās situācijās, piemēram, nenovēršamā valsts drošības krīzē, šāda veida deficīta rašanās var būt jēga, ekonomisti to parasti brīdina.