Šekspīra sonetu tēmas pēta idejas par mīlestību, novecošanu, skaistumu, laiku, iekāri, praktiskiem pienākumiem un nekompetences sajūtu. Šīs tēmas izriet no Šekspīra aprakstiem par attiecībām starp viņa varoņiem. Tie ir skaidri redzami arī viņa stāstījuma valodas lietojumā un runātāja iekšējo sajūtu skaidrojumos. Papildu Šekspīra sonetu tēmas ietver cīņu starp to, ko kolektīvā sabiedrība ir gatava pieņemt, un indivīda vēlmēm.
Šekspīra dzejā ir ideja, ka skaistums ar laiku pazūd, padarot cilvēku mazāk iekārojamu un zināmā mērā nomāktu par savu eksistenci. Viena no visproduktīvākajām Šekspīra sonetu tēmām ir ideja, ka bērniem jādzimst, lai saglabātu skaistumu. Tā kā spēja saglabāt ideālu ķermeņa uzbūvi un pievilcīgu izskatu nav iespējama, vienīgā cerība ir radīt nākamo paaudzi, kas pārmantos šīs īpašības. Laiks tiek uzskatīts par vitalitātes, vērtības un fiziskās identitātes ienaidnieku.
Vēl viena no Šekspīra sonetu tēmām koncentrējas uz ideju par konfliktu starp īstu mīlestību un vienkāršu seksuālo vēlmi. Dzejnieka skatījumā bieži rodas neskaidrības, kurš ir kurš. Iekāre var maskēties kā mīlestība, un to ir viegli sajaukt ar to. Pastāv kārdinājums tiekties pēc tā, kas ir vizuāli vilinošs, nevis veltīt laiku, lai atklātu patiesas sajūtas.
Šekspīrs arī pēta domu, ka mīlestība vai mīlestības jūtas var būt kaitīgas. Savas dzejas valodā autors apraksta emocionālās un fiziskās sekas, ko rada iesaistīšanās romantiskās attiecībās. Slimība ir viena no sekām, papildus negatīvajām izolācijas sajūtām, kas rodas pēc šķiršanās. Pastāv arī neaizsargātības risks, atrodoties romantiskās attiecībās, jo indivīdu dzīve, lēmumi un pašnovērtējums kļūst atkarīgi viens no otra.
Šekspīra sonetu tēmas ietver simbolu izmantošanu. Daži no tiem ietver zvaigznes, kokus, ziedus un laika apstākļus. Piemēram, atkārtots laikapstākļu un gadalaiku simbols tiek izmantots, lai informētu par vētraino dabu, kas slēpjas cilvēka jūtās. Attiecības bieži iet cauri tāda paša veida cikliem, kā laikapstākļi, ko Šekspīrs skaidri ilustrē dažu savu pantu valodā.
Zvaigžņu simbolu autore izmanto, lai paziņotu likteņa ideju. Tā vietā, lai pieņemtu domu, ka liktenis ir iepriekš noteikts, Šekspīrs pēta ideju par indivīda spēju izveidot savu likteni. Ziedi un koki atspoguļo dzīves un skaistuma smalko dabu. Savā ziņā skaistuma īpašība uzliek cilvēkam pienākumu radīt bērnus un nodrošināt labvēlīgākus apstākļus nākamajām paaudzēm.