Mutes skalošanas līdzekļa lietošana baktērijām parasti ir ļoti efektīva, taču dažiem mutes skalošanas līdzekļiem ir mazāka iedarbība nekā citiem. Vispārīgi runājot, jebkurš mutes skalojamais līdzeklis, kas apzīmēts kā “antiseptisks”, spēj iznīcināt baktērijas, bet baktēriju daudzums, ko tas var nogalināt, ir atkarīgs no aktīvās sastāvdaļas koncentrācijas. Daži mutes skalojamie līdzekļi ir bezjēdzīgi baktēriju iznīcināšanai, un tā vietā izmanto piparmētru eļļu, lai novērstu sliktu elpu, kas saistīta ar baktēriju augšanu mutē. Baktēriju mutes skalojamā līdzekļa efektīvas sastāvdaļas ir alkohols, nātrija fluorīds un ūdeņraža peroksīds. Lai gan alkohols parasti tiek uzskatīts par efektīvu baktēriju iznīcinātāju, tas arī izžūst muti, kas var pasliktināt problēmu.
Pats svarīgākais, kas pircējiem būtu jāpievērš uzmanība, pērkot mutes skalojamo līdzekli, ir vārda “antiseptisks” iekļaušana uz etiķetes. Antiseptisks ir definēts kā tas, kas spēj atbrīvot zonu no baktērijām vai mikroorganismiem. Daži mutes skalojamie līdzekļi tikai maskē sliktas elpas smaku, izmantojot kaut ko līdzīgu, piemēram, piparmētru eļļu. No šiem mutes skalojamajiem līdzekļiem vajadzētu izvairīties cilvēkiem, kuri cieš no sliktas elpas, jo tie necīnās ar baktērijām, bet tikai ar smaku. Lielākajai daļai mutes skalojamo līdzekļu būs zināma antiseptiska iedarbība, taču precīzā metode, ko tie izmanto, lai radītu šo efektu, var palīdzēt noteikt, kurš kopumā ir efektīvāks.
Alkohols ir izplatīts mutes skalošanas līdzekļos, jo tam piemīt īpašības, kas cīnās ar baktērijām. Tehniski runājot, 70 procentu alkohola koncentrācija ir visefektīvākā cīņā pret baktērijām, taču tik augsts alkohola līmenis mutes skalojamajā šķidrumā var radīt problēmas. Papildus iespējai, ka bērni dzer mutes skalojamo līdzekli alkohola satura dēļ, ir zināms, ka alkohols arī izžūst muti. Cilvēki ar sausu muti arī cieš no sliktas elpas, tāpēc, lai gan alkoholiskais mutes skalojamais līdzeklis nogalina baktērijas, tas neietekmē šīs problēmas gala rezultātu. Tāpēc efektīvāki ir mutes skalojamie līdzekļi, kas nesatur alkoholu, bet satur citu baktēriju iznīcināšanas līdzekli.
Citas iespējamās sastāvdaļas mutes skalojamā līdzekļa sastāvā baktēriju profilaksei un samazināšanai ir nātrija fluorīds un ūdeņraža peroksīds. Ūdeņraža peroksīds joprojām var izraisīt zināmu mutes sausumu, taču tas nav tik izteikts kā alkohola radītais efekts. Nātrija fluorīds ir vēl viena iespējama sastāvdaļa mutes skalošanas līdzekļos baktēriju profilaksei. Parasti šo ķīmisko vielu izmanto pesticīdos, taču pētījumi liecina, ka to saturošie mutes skalojamie līdzekļi efektīvi iznīcina baktērijas. Fluors arī palīdz cīnīties ar dobumiem.
Kopumā lielākā daļa mutes skalojamo līdzekļu zīmolu efektīvi iznīcinās baktērijas. Mutes skalojamais līdzeklis baktērijām galvenokārt ir paredzēts sliktas elpas apkarošanai, tāpēc alkoholu saturoši zīmoli nav tik efektīvi kā bezalkoholiskie zīmoli. Ir svarīgi atzīmēt, ka cilvēkiem, kuri cieš no sliktas elpas, regulāri jātīra zobi un jālieto zobu diegu, lai novērstu problēmu.