Baktēriju endotoksīnu testēšana parasti ietver reaģentu izmantošanu, kas, sajaucoties šķīdumā ar iespējamu piesārņotāju, izraisa reakciju, kas norāda uz endotoksīna klātbūtni. Hrogēniskā pārbaude, gēla recekļa tests un turbidimetriskā pārbaude ir metodes, ko zinātnieki parasti izmanto baktēriju endotoksīnu testēšanai. Tehniķi izmanto šīs novērtēšanas metodes dažādām vielām un objektiem, pārbaudot endotoksīnu piesārņojumu. Ūdenim, medikamentu ražošanā izmantotajām izejvielām, aprīkojumam un iepakojumam ir jāatbilst endotoksīnu standartiem.
Visām baktērijām, sēnītēm un vīrusiem ir aizsargājošas ārējās membrānas, kas sastāv no lipopolisaharīdiem, ko dēvē arī par LPS. Šo ķēžu lipīdu daļa satur endotoksīnus. Šīs vielas parasti paliek membrānā, bet izdalās šūnu dalīšanās procesā un šūnu iznīcināšanas vai līzes laikā. Cilvēkiem šīs vielas izraisa drudzi, patoloģisku koagulāciju, septisku šoku un citus simptomus, lai gan atšķirībā no eksotoksīniem šūnā endotoksīni nepārvēršas par toksoīdu. Parasti mikrobiologi pārbauda endotoksīnu klātbūtni, kas saistīti ar dažādām gramnegatīvām baktērijām, tostarp E. coli.
Gēla recekļa tests jeb Limulus ameboecyte lysate (LAL) tests ietver membrānu iznīcinošas ķīmiskas vielas izmantošanu, kas iegūta no pakava krabja amoebocītiem, ko dēvē arī par Limulus polyphemus. Tehniķi novēro pozitīvu endotoksīnu indikāciju, ja rodas recēšana vai želeja, kad lizāts tiek pakļauts konkrētajam objektam vai vielai. Mikrobiologi parasti izmanto šo baktēriju endotoksīnu testēšanas metodi kopā ar hromogēno un turbidimetrisko testu, lai iegūtu pārliecinošus rezultātus.
Hrogēno baktēriju endotoksīna testēšanai tiek izmantots īpaši apstrādāts LAL. Kad šis lizāts saskaras ar endotoksīnu, reakcija rada īpašu krāsu. Pēdējais testēšanas process ietver šķīduma duļķainuma vai duļķainuma mērīšanu. Tehniķi pakļauj šķīdumu, kas izveidots gēla recekļa testā, spektrofotometram, kas izstaro gaismas staru. Mērot gaismas intensitātes zudumu starā, kad tas iet caur šķīdumu, mikrobiologi var noteikt, vai ir vai nav endotoksīna.
Laboratorijas darbinieki parasti pabeidz šos trīs baktēriju endotoksīnu testus divas vai trīs reizes, lai nodrošinātu precīzus rezultātus. Gēla testu neizmanto tikai, jo tā zemākā noteikšanas robeža ir 0.03 Ērliha vienības mililitrā (EU/ml). Hrogēnās un turbidimetriskās pārbaudes atklāj endotoksīnus 0.005 EU/ml robežās. Drošības parametri ļoti atšķiras atkarībā no testējamās vielas. Lai gan sterilā ūdens, ko izmanto injekcijām vai apūdeņošanai, saturs nedrīkst pārsniegt 0.25 EU/ml, sterils ūdens inhalācijām var saturēt līdz 0.5 EU/ml.