Labākais līdzeklis pret bakteriālo vaginozi parasti ir recepšu medikaments. Antibiotikas, ko lieto iekšķīgi vai ievada makstī, parasti ir efektīvas, lai atbrīvotos no baktērijām, kas ir atbildīgas par bakteriālo vaginozi. Lielākajai daļai sieviešu perorālās antibiotikas ir labākā ārstēšana bakteriālās vaginozes gadījumā, jo tās, kas tiek ievadītas makstī, bieži ir nedaudz mazāk efektīvas. Dažreiz sieviete var apsvērt arī mājas līdzekli pret bakteriālo vaginozi, taču mājas aizsardzības līdzekļi parasti nav uzticami šīs konkrētās bakteriālās infekcijas ārstēšanai.
Vairumā gadījumu labākais līdzeklis bakteriālās vaginozes gadījumā ir antibiotika, ko sauc par metronidazolu, ko bieži pārdod ar zīmolu Flagyl®. Metronidazols parasti tiek izrakstīts tablešu veidā, bet to var ievadīt arī caur maksts. Gēla forma, kas tiek ievietota maksts bakteriālās vaginozes ārstēšanai, tiek saukta par Metrogel®. Sieviete kā alternatīvu Metrogel® var izmantot arī želeju, ko sauc par klindamicīnu. Tomēr ir arī vērts atzīmēt, ka daži bakteriālās vaginozes gadījumi izzūd paši.
Parasti perorālais metronidazols ir efektīvāks bakteriālās vaginozes ārstēšanā nekā maksts lietošana. Tomēr dažos gadījumos sieviete var dot priekšroku vagināli ievadāmām zālēm, neskatoties uz to, ka tās ir nedaudz mazāk efektīvas nekā perorālie medikamenti. Tas ir saistīts ar faktu, ka daži cilvēki ir ziņojuši par nepatīkamām blakusparādībām metronidazola lietošanas laikā. Blakusparādības var rasties arī ar maksts gēliem, taču tās parasti ir nelielas un mazāk iespējamas.
Lai gan metronidazolu parasti uzskata par labāko līdzekli pret bakteriālo vaginozi, ir arī citas antibiotikas, kas var izrādīties efektīvas. Vienu no alternatīvām bakteriālās vaginozes ārstēšanas metodēm sauc par tinidazolu. Lai gan tas var nebūt tik efektīvs bakteriālās vaginozes ārstēšanai kā metronidazols, tas tiek uzskatīts par uzticamu ārstēšanu. Tas ir saistīts arī ar mazākām blakusparādībām nekā metronidazols.
Sieviete var arī justies kārdināta izmēģināt mājas līdzekli pret bakteriālo vaginozi. Tomēr parasti mājas aizsardzības līdzekļi neizdodas, un sievietei joprojām var būt nepieciešama medicīniska palīdzība pēc to izmēģināšanas. Tomēr ārsti parasti iesaka ārstēšanu, jo bakteriāla infekcija var izraisīt komplikācijas. Piemēram, bakteriālā vaginoze var izraisīt spontānu abortu, priekšlaicīgas dzemdības un dzemdes infekciju pēc dzemdībām. Neārstēta bakteriālā vaginoze var arī veicināt iegurņa iekaisuma slimības attīstību, kas var izraisīt smagu slimību un pastāvīgu neauglību.