Iespējams, ka labākais veids, kā dezinficēt spa, ir to iztukšot pēc katras lietošanas reizes, taču tas parasti nav iespējams un nav arī videi draudzīgs. Vannā var attīstīties peldētāju baktērijas, tāpēc būs nepieciešams izmantot spa dezinfekcijas līdzekli, lai iznīcinātu potenciāli kaitīgās baktērijas un nodrošinātu spa aprīkojuma pareizu darbību. Hlors, iespējams, ir visbiežāk izmantotais spa dezinfekcijas līdzeklis, un, lai gan tas efektīvi iznīcina baktērijas, tas var būt skarbs ādai un acīm. Ir pieejamas arī citas iespējas, piemēram, broms, un broms nav tik kodīgs ādai kā hlors.
Hlors kā spa dezinfekcijas līdzeklis ir diezgan lēts, un to ir viegli pievienot spa ātri un efektīvi. Tas nogalinās lielāko daļu baktēriju vannā, un tas pat var palīdzēt zināmā mērā attīrīt duļķainu ūdeni. Ikviens, kurš ir mazgājies karstā vannā vai baseinā, tomēr atpazīs hlora raksturīgo smaržu. Šī spa dezinfekcijas līdzekļa smarža var būt nepārvarama un nepatīkama, un hlors, visticamāk, izžūst peldētāju ādu, izraisot niezi un pat apsārtumu. Hlors var izraisīt arī dedzinošu sajūtu acīs, tāpēc daudzi peldētāji cenšas izvairīties no hlora, kad vien iespējams.
Broms ir laba alternatīva hloram kā spa dezinfekcijas līdzeklis. Tas ir arī diezgan lēts un viegli pievienojams spa ūdenim, un atšķirībā no hlora broms paliks aktīvs ūdenī daudz ilgāku laiku. Lai gan bromam var būt smarža, tā parasti nav tik spēcīga kā hlora smarža. Iespējams, ka lielākais broma trūkums ir tā tendence pazemināt ūdens pH līmeni. Tas nozīmē, ka spa īpašniekam vai personai, kas apkalpo iekārtu, būs jāpavada vairāk laika, lai uzraudzītu spa ūdeni un pielāgotu pH līmeni, lai tas būtu drošs un komfortabls.
Minerālie attīrītāji ir salīdzinoši jaunas spa dezinfekcijas līdzekļu iespējas, un tie ir mazāk kodīgi ādai, nemaz nerunājot par īpaši ilgu kalpošanas laiku. Šāda veida dezinfekcijas līdzekļi parasti ir nūjiņu veidā, un tie tiek ievietoti spa filtros. Viens no lielākajiem šāda veida spa dezinfekcijas līdzekļu trūkumiem ir izmaksas: minerālu attīrītāji, visticamāk, ir daudz dārgāki par hloru un bromu. Lai gan tās var būt efektīvas baktēriju iznīcināšanā, tās, visticamāk, tiks pārvarētas nekā hlors un broms, kas nozīmē, ka ūdens var nebūt tik tīrs.