Siltumnīcai jāspēj pārraidīt gaismu, saglabāt siltumu un izturēt bargus laikapstākļus. Siltumnīcas celtniecībai izmantoto paneļu veids ir ļoti svarīgs, un, izvēloties labākos siltumnīcas paneļus, jāņem vērā arī uzstādīšana, apkope un budžets. Siltumnīcu paneļi ir izgatavoti no stikla, stikla šķiedras vai polikarbonāta. Katram no tiem ir priekšrocības un trūkumi. Ņemot vērā budžetu un apkopi, kā arī gaismas un siltuma absorbciju, polikarbonāta siltumnīcu paneļi vislabāk apgaismo un apsilda siltumnīcu, vienlaikus saglabājot izturību un viegli kopjami.
Stikls ir populārs materiāls siltumnīcu paneļiem, jo tas vislabāk pārraida gaismu. Tas ir arī izturīgs, un daudzi cilvēki uzskata, ka stikla siltumnīcu paneļi ir estētiski vispiemērotākie. Tomēr stikla mīnuss ir tāds, ka tā uzstādīšana un ierāmēšana var būt ļoti dārga, jo tas ir smags un trausls. Lai gan dienas laikā tas ielaiž daudz gaismas, stikla paneļiem nepieciešamais metāla karkasa materiāls slikti izolē, tāpēc siltums tiek viegli zaudēts. Stikla siltumnīca var arī kļūt pārāk karsta, ja tā netiek pareizi vēdināta, un tas var būt nāvējošs augiem.
Stikla šķiedras siltumnīcu paneļi ir viena no lētākajām iespējām, un to uzstādīšana un nomaiņa ir salīdzinoši vienkārša. Stikla šķiedra ir arī stiprāka par stiklu un labāk iztur krusu. Stikla šķiedras problēma ir tā, ka laika gaitā tā var kļūt dzeltenīga un neielaist tik daudz gaismas, tādēļ ir nepieciešams nomainīt paneļus vai izmantot papildu sildītājus. Tīrīšana var būt sarežģīta, jo īpaši ar gofrētiem stikla šķiedras paneļiem, un daži cilvēki uzskata, ka šāda veida paneļi nav pievilcīgi un viņiem ir grūti apvienot tos ar ainavu. Vēl viena stikla šķiedras siltumnīcu paneļu problēma ir augsta uzliesmojamība un nepieciešamība pēc aizsargapģērba un maskas bīstamo šķiedru dēļ, griežot paneļus.
Polikarbonāta siltumnīcu paneļiem ir vairākas tādas pašas priekšrocības kā stiklšķiedrai, taču bez uzliesmojamības un šķiedras problēmām. Turklāt polikarbonāts ielaiž vairāk gaismas nekā stikla šķiedra, un, lai gan nekas neielaiž tik daudz gaismas kā stikls, polikarbonāts izkliedē gaismu, kas rada optimālu vidi augu audzēšanai. Polikarbonāta siltuma saglabāšanas un izolācijas īpašības ir lieliskas, un to var pārklāt ar ultravioletās barjeras šķīdumu, kas palīdzēs novērst izbalēšanu laika gaitā. Lai gan polikarbonāts nav tik estētiski pievilcīgs kā stikls, tas ir daudz budžetam draudzīgāks un vieglāk kopjams, kalpos gadiem ilgi bez lūzuma vai nepieciešamības pēc smagas ierāmēšanas.