AIDS epidēmijas sākums bija smalkas izmaiņas vīrusa ģenētiskajā materiālā, kas ļāva vīrusam kļūt par zoonozi, kas nozīmē, ka to varēja pārnest no dzīvniekiem uz cilvēkiem. Laika posmā, kas, iespējams, ilga vairākus gadu desmitus, vīruss tika atkārtoti pārnests no primātiem Āfrikā uz cilvēkiem, un galu galā tas nostiprinājās cilvēku populācijā un sāka izplatīties ārpus Āfrikas kontinenta robežām. Līdz brīdim, kad zinātnieki un medicīnas speciālisti spēja savienot visus punktus, AIDS epidēmija bija izplatījusies lielā daļā pasaules; 2007. gadā vairāk nekā 33 miljoni cilvēku visā pasaulē bija inficēti ar HIV, vīrusu, kas pārvēršas AIDS.
Pastāv strīdi par AIDS epidēmijas sākumu, un pat tagad pētnieki joprojām saliek puzles gabalus. Ir skaidrs, ka HIV vīruss cēlies no primātiem, kas dzīvo Rietumāfrikā un Centrālāfrikā, un, iespējams, tas tika pārnests uz cilvēkiem kopienās, kur cilvēki ēd primātu gaļu. Daži pētnieki ir norādījuši, ka arī pilsētu pieaugums Āfrikā, koncentrējot cilvēku populācijas, varēja veicināt AIDS izplatību.
No Āfrikas AIDS vīruss pārcēlās uz Haiti, un tad tas sāka strauji izplatīties dažādos virzienos. Geju stjuarte, ko dažkārt dēvē par “Patient Zero”, bieži tiek zaimota par AIDS epidēmijas izraisīšanu, taču visi pierādījumi liecina, ka vīruss vienlaikus izplatījās vairākās kopienās; HIV vīrusam faktiski ir vairākas atšķirīgas grupas vai “klades”, kas ilustrē faktu, ka to nav izraisījis viens indivīds.
Klādes liecina arī par kaut ko daudz interesantāku, proti, ka HIV un AIDS, iespējams, ir daudz vecāki, nekā cilvēki domā. Vispārīgās zināšanas par AIDS epidēmiju liecina, ka vīruss radās 1980. gados, bet patiesībā tas, visticamāk, sāka izplatīties 1930. gadsimta 1980. gados, pieaugot eksponenciāli, līdz 1950. gados bija pietiekami daudz gadījumu, lai medicīnas speciālisti saprastu, ka viņiem ir epidēmija. Vismaz viena dokumentēta AIDS nāve ir datēta ar pagājušā gadsimta piecdesmitajiem gadiem, kas apstiprina šo viedokli.
Uzzinot vairāk par AIDS epidēmijas izplatību, pētnieki cer atklāt jaunas metodes slimības ārstēšanai un, iespējams, izārstēt vai vakcinēt pret šo slimību. Piemēram, dažādas klades unikāli reaģē uz ārstēšanu, ilustrējot HIV un AIDS vīrusu daudzveidību, un dažas klades ir nāvējošākas nekā citas; mazāk letālas klades, iespējams, ir vecākas, jo to upuri būtu dzīvojuši pietiekami ilgi, lai slimība izplatītos tālāk.