Malāriju ārstē ar zāļu grupu, kas nepārsteidzoši ir pazīstama kā pretmalārijas līdzekļi. Pretmalārijas zāles ir paredzētas, lai uzbruktu parazītiem, kas izraisa slimību, neļaujot tiem izplatīties, vienlaikus nogalinot tos, lai tie nevarētu turpināt izraisīt infekciju. Ārstēšanas panākumi atšķiras atkarībā no tā, kāds malārijas celms ir pacientam, vai parazīti ir vai nav izturīgi pret zālēm un vai pacients spēj pabeigt nepieciešamo zāļu kursu.
Šī odu pārnēsātā infekcija cilvēkus ir vajājusi gadsimtiem ilgi, līdz hinīna atklāšana ļāva ārstiem ārstēt šīs slimības skartos pacientus. Tomēr pret hinīnu rezistenti celmi ātri attīstījās, liekot pētniekiem strādāt pie jaunām zāļu klasēm malārijas ārstēšanai. Šī cīņa starp pētniekiem un parazītiem turpinās līdz pat šai dienai, un zāļu kompānijas nepārtraukti pēta jaunas ārstēšanas metodes.
Ja pacientam ir tā sauktā nekomplicēta malārija, viņu var ārstēt ambulatori, ideālā gadījumā 24 stundu laikā pēc simptomu parādīšanās. Tiks pārbaudītas pacienta asinis, lai noteiktu infekciju izraisošo celmu, un pēc tam tiks nozīmētas atbilstošas perorālās zāles. Medicīnas speciālistiem ir jāņem vērā pacienta slimības vēsture, kā arī citas zāles, ko pacients varētu lietot, pirms izlemt, kuru pretmalārijas līdzekli lietot.
Pacientiem ar smagu malāriju ir nepieciešama hospitalizācija, un zāles tiek ievadītas intravenozi vai caur svecītēm. Dažas zāles, ko lieto šīs slimības formas ārstēšanai, ir sulfadoksīna/pirimetamīna un atovakvona/proguanila kombinācijas, kā arī meflokvīna hidrohlorīds, hinīna sulfāts, hlorokvīns, doksiciklīns, primakvīns un artemisīna atvasinājumi. Šo zāļu ārstēšanas izmaksas ir atšķirīgas, un tas ir vēl viens ārstēšanas apsvērums, jo pacientiem ir svarīgi pabeigt visu zāļu kursu; pretējā gadījumā viņiem varētu attīstīties pret zālēm rezistenta malārija.
Labākais malārijas ārstēšanas veids, protams, ir to novērst. Profilaktiskās zāles ir ļoti ieteicamas cilvēkiem, kuri dzīvo vai ceļo apgabalos, kur slimība ir endēmiska, taču diemžēl daudzi cilvēki jaunattīstības valstīs nevar atļauties profilaktiskos narkotiku kursus. Dažas labdarības organizācijas bez maksas nodrošina šādas zāles kopienām jaunattīstības valstīs, taču ir grūti iegūt pilnīgu nodrošinājumu tādās jomās kā Subsahāras Āfrika un Dienvidaustrumāzija. Malārijas risku var arī samazināt, izmantojot moskītu tīklu, lai aizsegtu gultas, aizsegtu logus un izmantojot kukaiņu atbaidīšanas līdzekļus, lai pasargātu no odiem un citiem kukaiņiem.