Gan flautas, gan obojas ir koka pūšaminstrumentu dzimtas pārstāvji, taču tās ir krasi atšķirīgas. Tie atšķiras pēc konstrukcijas materiāla, krāsas, formas, toņa un atslēgas. Ievērojami atšķirības punkti ir arī atskaņošanas pozīcija, skaņas kvalitāte, niedres izmantošana vai neesamība un diapazons.
Viena no visvieglāk pamanāmajām atšķirībām starp oboju un flautu ir materiālu izvēle, no kuriem profesionāļi konstruē instrumentus. Izņemot metāla atslēgu, oboja parasti ir izgatavota no grenadiļu koka, ko sauc arī par Āfrikas blekvudu. Retāk obojas tiek izgatavotas no citiem kokiem, piemēram, rožkoka. Rietumu koncertflautu korpuss un taustiņi reti ir izgatavoti no koka, bet gan no metāliem, visbiežāk sudrabota misiņa. Daži profesionāla līmeņa spēlētāji izpilda gandrīz pilnībā sudraba krāsas flautas, un daži izmanto zeltu iemutņa lūpu balsta savienojumā vai taustiņinstrumentālistiem atkarībā no precīzas toņa kvalitātes un estētikas, ko spēlētājs vēlas.
Oboja un flauta atšķiras pēc krāsas, jo celtniecībā izmantoti dažādi materiāli. Obojas ir melnā krāsā, ar sudraba krāsas taustiņiem. Flautas parasti ir pilnībā sudraba krāsā, bet atkarībā no izmantotā metāla var būt dzeltenīgi zeltainā krāsā.
Neatkarīgi no tā, kādi materiāli tiek izmantoti obojas vai flautas konstrukcijā, abu instrumentu forma ir vēl viens atšķirīgs faktors. Flauta izskatās kā taisna caurule. Urbumam jeb instrumenta iekšējai kamerai, caur kuru pārvietojas gaiss, ir cilindriska forma. Liela daļa obojas arī no ārpuses izskatās apaļa kā caurule, bet iekšpusē urbumam ir koniska forma, kas sašaurinās uz uzliesmojošu zvanu. Šis uzliesmojums uz flautas nav atrodams.
Aplūkojot obojas un flautas taustiņu kombināciju, obojai ir vairāk taustiņu un caurumu. Flautai parasti ir vismaz 16 atveres, savukārt obojai kopumā ir vismaz 22. Precīzs caurumu skaits uz obojas vai flautas ir atkarīgs no precīza instrumenta modeļa un pakāpes.
Virzoties uz faktisko obojas un flautas spēli, Rietumu klasiskā flauta ir šķērsvirzienā vai uz sāniem pūsts instruments, kas nozīmē, ka tā tiek turēta un spēlēta horizontāli. Tas prasa spēlētājam turēt instrumentu labajā pusē. Oboja ir gala pūšanas instruments. Spēlētājs tur instrumentu aptuveni 45 grādu leņķī sava ķermeņa priekšā, pūšot uz leju augšējā galā.
Tālāk obojas ir “dubultniedru” instrumenti. Lai izgatavotu niedri, obojists pārloka bambusa spieķa gabalu virs caurules un piesien to vietā. Pēc tam viņš sagriež spieķa galu, lai to sadalītu divos neatkarīgos gabalos. Pēc tam, kad obojists ir izveidojis divus neatkarīgus niedru gabalus, kas veido visu niedru, viņš ieliek niedres mutē un liek spieķim vibrēt ar gaisa plūsmu.
Flautas neizmanto niedres. Tā vietā, lai liktu niedrei vibrēt, flautas spēlētāji iepūš gaisu tieši flautai. Gaisa straume no atskaņotāja liek gaisam flautas iekšpusē vibrēt, un daļa no šīs vibrācijas izplūst no flautas gala un toņu caurumiem kā tonis.
Jebkura instrumenta urbums krasi ietekmē instrumenta kopējo tonālo kvalitāti, jo urbums ietekmē gaisa kolonnas darbību. Niedru lietošana vai trūkums arī ietekmē toni. Obojas var būt ļoti skaļas, caururbjošas un nedaudz līdzīgas pīlēm, taču tās var arī izklausīties ārkārtīgi siltas un mīļas. Flautas izklausās caururbjoši vai maigi, atkarībā no to reģistra, un tām trūkst nedaudz smilšainas kvalitātes, kas izriet no niedres.
Obojas un flautas diapazons ir līdzīgs, taču flautas diapazons ir nedaudz lielāks nekā obojas diapazons. Oboja spēlē starp Bb3 un G6, lai gan ērtāka tesitura ir no C4 līdz Eb6. Flautas diapazons ir no B3 līdz C7 jeb aptuveni trīs oktāvas. Tomēr ne visas obojas sniedzas līdz Bb3, un tāpat arī ne visām flautām pēdas locītava ir pietiekami gara, lai radītu B3. Ir iespējamas notis, kas pārsniedz šos vispārīgos diapazonus, taču tās netiek regulāri atskaņotas, ir izaicinošas telpu un toņu saglabāšanas ziņā un prasa absolūtu izpildītāja kompetenci.